◆ Jmolで見るトピックス分子(21-2) ◆

No.1-1011-20151-200401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520521-530531-540541-550551-560561-570571-580581-590591-600
601-610611-620621-630631-640641-650651-660661-670671-680681-690691-700
701-710711-720721-730731-740741-750751-760761-770771-780781-790791-800
801-810811-820821-830831-840841-850851-860861-870871-880861-870881-890891-900
901-910911-920921-930931-940941-950951-960961-970971-980981-990991-1000
1001-1010
→ 以下は今後改変: Vol.1235678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: 新型コロナウイルス(SARS-CoV-2|COVID-19)情報川上モデル「鍵と鍵穴」模型元素・分子が登場する本を読もう!

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※本ページの分子モデルはInternet Explorerで参照できます。Microsoft EdgeではInternet Explorerモードにして。


  1. 地球外有機化合物に対する微生物代謝の解明から全く新規な酵素系を発見 〜生命分子進化の理解や産業応用に期待〜」(富山県立大学,2021/01/19) [PDF] ※“隕石によって飛来する地球外有機化合物の一つ 2-アミノイソ酪酸(Aib)の微生物代謝を初めて明らかにし…”。2021/01/06公開PDBデータ6m1w・6m2i(下掲)。

    Aibモノオキシゲナーゼ6m2i
    Monooxygenase - Wikipedia2-Aminoisobutyric acid - Wikipedia
    6m2i(Aibモノオキシゲナーゼ) EDO(1,2-エタンジオール)選択
    2-アミノイソ酪酸(2-aminoisobutyric acid,AIB)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示  
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]Aibモノオキシゲナーゼ 6m2i [右]2-アミノイソ酪酸(2-aminoisobutyric acid,AIB)


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. 副作用原因タンパク質hERGチャネルと薬剤の複合体構造を明らかにすることに成功 -重篤な副作用の回避にもクライオ電子顕微鏡解析が役立つ-(KEK,2021/01/15) ※2021/01/20公開PDBデータ7cn0・7cn1(下掲)

    hERGチャネル 7cn1
    hERG - WikipediaPotassium channel - WikipediaAstemizole - Wikipedia
    7cn1(hERGチャネル)
    ※他のカリウムチャネルの例:1bl8(カリウムチャネル) → 別トピックイオンチャネルタンパク質の例(PDBデータ1BL8より)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    hERGチャネル(カリウムチャネルの一種)7cn1


  3. ネコのマタタビ反応の謎を解明! 〜マタタビ反応はネコが蚊を忌避するための行動だった〜(岩手大学,2021/01/21) ※“ネペタラクトールは、人類にとっての天敵である寄生虫や伝染病を媒介する蚊の忌避剤として活用できる可能性を秘めていると考えます”。

    cis-trans-ネペタラクトール(cis-trans-nepetalactol)
    Nepetalactol - Wikipedia
    cis-trans-ネペタラクトール(cis-trans-nepetalactol)
    ※上掲岩手大学プレスリリースに出てくる化合物例
    β-エンドルフィン:β-エンドルフィン(β-endorphin) → 抗うつ剤と神経伝達物質
    イリドミルメシン:イリドミルメシン(iridomyrmecin;マタタビラクトンの例) → 分子の塗り絵 (2)
    ナロキソン:ナロキソン(naloxone) → 話題の制がん剤・抗がん剤別トピック
    モルヒネ:モルヒネ(morphine) → 話題の制がん剤・抗がん剤
    ドーパミン:ドーパミン/ドパミン(dopamine) → 抗うつ剤と神経伝達物質別トピック
    μオピオイド受容体:5c1m(μオピオイド受容体) 4VO(アゴニストBU72)選択 同PDBsumデータ5c1m_4VO$ → GPCR別トピック


    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

        
    [左・中]cis-trans-ネペタラクトール(cis-trans-nepetalactol)とその有機概念図上の位置 [右]イリドミルメシン(iridomyrmecin;マタタビラクトンの例)

          
    左から: β-エンドルフィン(β-endorphin),ナロキソン(naloxone),モルヒネ(morphine),ドーパミン/ドパミン(dopamine)

      
    μオピオイド受容体構造例5c1mとそのPDBsumデータ(アゴニストBU72結合;別リガンド結合の4dklとの比較)


  4. サインバルタが8割以上のシェアをキープ 2位はイフェクサー、3位はトレドミン(日経メディカル,2021/01/23) ※“SNRI(セロトニン・ノルアドレナリン再取込み阻害薬)”,“83.6%の医師がデュロキセチン塩酸塩(商品名:サインバルタ)と回答…第2位のベンラファキシン塩酸塩(イフェクサー)は10.9%、第3位のミルナシプラン塩酸塩(トレドミン他)は5.5%の医師が、最も処方頻度の高い薬剤として選んだ”。

    デュロキセチン(duloxetine)
    Duloxetine - WikipediaSerotonin-norepinephrine reuptake inhibitor - Wikipedia
     ※商品名サインバルタ(Cymbalta)


    ※デュロキセチン結合データ例(2013年研究):4mm6((S)-デュロキセチンが結合したアミントランスポーター) 同PDBsumデータ 4mm6_29E((S)-デュロキセチン)$ → Nature論文(2013) [Monoamine transporter - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    左から: デュロキセチン(duloxetine),ベンラファキシン(venlafaxine),ミルナシプラン(milnacipran)

      
    (S)-デュロキセチンが結合したアミントランスポーター4mm6とそのPDBsumデータ


  5. Binding of cardiotonic steroids to Na+,K+-ATPase in the E2P state(PNAS,2021/01/05) ※2021/01/27公開PDBデータ7ddi・7ddj・7ddg・7ddh・7ddk・7ddl・7ddf・7d92・7d93・7d94(下掲)

    ブファリンが結合したNa+/K+-ATPase 7d94のChain A・B・G
    Na+/K+-ATPase - WikipediaBufalin - Wikipedia
    7d94(ブファリンが結合したNa+/K+-ATPase) BUF(ブファリン)選択 同PDBsumデータ7d94_BUF$PDBsumデータ7ddl_BUF(ブファリン)$ PDBsumデータ7ddi_F9R(ジギトキシン)$ PDBsumデータ7ddj_OBN(ウアバイン〈ウワバイン〉)$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色


    糖鎖別着色(#印のみ)Galα-Glcβ-GlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ブファリン(bufalin)が結合したNa+/K+-ATPase 7d94のChain A・B・GとそのPDBsumデータ(同じブファリン結合の7ddl,ジギトキシン結合の7ddi,ウアバイン〈ウワバイン〉結合の7ddjとの比較)


  6. Crystal structure of death-associated protein kinase 1 in complex with the dietary compound resveratrol(IUCrJ,2021/01/06) ※2021/01/27公開PDBデータ7ccv(下掲)・7ccw

    ピセアタンノールが結合した細胞死関連プロテインキナーゼ1(DAPK1) 7ccv
    DAPK1 - Wikipedia
    7ccv(ピセアタンノールが結合した細胞死関連プロテインキナーゼ1) 同PDBsumデータ 7ccv_PIT$PDBsumデータ 7ccw_STL(レスベラトロール)$
    ピセアタンノール(piceatannol) [Piceatannol - Wikipedia
    レスベラトロール(resveratrol) [Resveratrol - Wikipedia
    ※レスベラトロール関連別研究例から: KPMF-8(quercetin 3,5,7,3',4'-pentamethyl ether) | 同研究引用PDBデータより 5btrのChain A・D(レスベラトロールが結合したSIRT1) STL(レスベラトロール)選択 Chain D選択 同PDBsumデータ5btr_STL[702(A)]$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左・中]ピセアタンノールが結合した細胞死関連プロテインキナーゼ1(DAPK1)7ccvとそのPDBsumデータ(レスベラトロール結合の7ccwとの比較) [右]ピセアタンノール(piceatannol)

      
    別研究から: [左]KPMF-8(quercetin 3,5,7,3',4'-pentamethyl ether) [右]レスベラトロールが結合したサーチュイン1(SIRT1) 5btrのChain DとそのPDBsumデータ


  7. 今月の分子 254: セルロース合成酵素(Cellulose Synthase)(PDBj,2021/02)Molecule of the Month(PDB)

    PDBデータ 6wlbのChain A(セルロース合成酵素)
    Cellulose synthase (UDP-forming) - Wikipedia
    6wlbのChain A(セルロース合成酵素) 同PDBsmデータ6wlb_BGC~5(β-セロペンタオース)$
    セルロース(cellulose,繰り返し単位) | グルコース環×4(セロビオース単位〈繰り返し単位〉×2)
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    セルロース合成酵素6wlbのChain AとそのPDBsumデータ


    アミロース(amylose)とセルロース(cellulose) → 川上モデル|分子・結晶・リガンド模型


  8. システインが触媒の中心的役割を担う糖質分解酵素のメカニズムを解明(東京大学,2021/02/03) ※2021/01/27公開PDBデータ7bzl・7dif(下掲)

    阻害剤が結合したβ-L-アラビノフラノシダーゼ(HypBA1) 7dif
    7dif(阻害剤が結合したβ-L-アラビノフラノシダーゼ HypBA1) FE0(阻害剤)選択 Cys417選択 同PDBsumデータ 7dif_FE0$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    阻害剤が結合したβ-L-アラビノフラノシダーゼ(HypBA1)7difとそのPDBsumデータ(Cys417については東京大学プレスリリース参照)


  9. 新規含フッ素高分子材料を開発 環境規制物質の代替素材として期待(茨城大学,2021/02/03) ※“PFOA源とならないパーフルオロユニットが不飽和炭化水素(ビニレン)ユニットで架橋された新規な(メタ)アクリレート化合物を合成”。

    ビニレン構造を有する含フッ素メタクリレート例の構造
    ビニレン構造を有する含フッ素メタクリレート例の繰り返し単位構造
    パーフルオロオクタン酸(perfluorooctanoic acid,PFOA)
    ※参考(メタクリレート系高分子例):ポリメタクリル酸メチル(polymethyl methacrylate;PMMA)の繰り返し単位
    ※参考(はっ水はつ油性を持つフッ素樹脂の例):ポリテトラフルオロエチレン(polytetrafluoroethylene;PTFE,テフロン)

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    Jmol色 Rasmol色
      
    背景・黒 灰 白 

      
    ビニレン構造を有する含フッ素メタクリレート例の繰り返し単位構造

      
    PFOA(左)とPTFE(右,テフロン)


  10. Mechanistic insights into the synergistic activation of the RXR-PXR heterodimer by endocrine disruptor mixtures(PNAS,2021/01/05) ※2021/01/13公開PDBデータ7ax8・7ax9・7axa・7axb・7axc・7axf・7axg(下掲)・7axh・7axi・7axj・7axk・7axl

    トリブチルスズが結合したプレグナンX受容体(PXR) 7axg
    Pregnane X receptor - Wikipedia
    7axg(トリブチルスズが結合したプレグナンX受容体〈PXR〉) 同PDBsumデータ 7axg_TBY[501(A)]$ 参考: 塩化トリブチルスズ(tributyltin chloride;TBTC)
    ※同研究による別リガンドのPDBsumデータ例: PDBsumデータ 7ax9_S6H((+)cis-クロルデン)$PDBsumデータ 7axa_CL6(クロトリマゾール)$PDBsumデータ 7axb_S68(エンドスルファン)$PDBsumデータ 7axc_27H(フェルチニン)$PDBsumデータ 7axd_S6W(フィプロニル)$ フィプロニル(fipronil;フェニルピラゾール系殺虫剤) → 別トピックPDBsumデータ 7axf_S6T[501(A)](プレチラクロール)$PDBsumデータ 7axh_27J(α-ゼアララノール)$
    ※トリブチルスズ結合別タンパク質のPDBsumデータ例: PDBsumデータ 3wj4_TBY(トリブチルスズが結合したペルオキシソーム増殖剤活性化レセプターγ)$ → 別トピック
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    トリブチルスズが結合したプレグナンX受容体(PXR)7axgとそのPDBsumデータ(同じ研究による別リガンドのPDBsumデータ例〈それぞれ(+)cis-クロルデン,クロトリマゾール,エンドスルファン,フェルチニン,フィプロニル,プレチラクロール,α-ゼアララノール〉との比較)


「生活環境化学の部屋」ホームページJmol版「分子の学習帳」