◆ Jmolで見るトピックス分子(25-1) ◆

No.1-1011-20151-200401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520521-530531-540541-550551-560561-570571-580581-590591-600
601-610611-620621-630631-640641-650651-660661-670671-680681-690691-700
701-710711-720721-730731-740741-750751-760761-770771-780781-790791-800
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1001-10101011-10201021-10301031-10401041-10501051-10601061-10701071-10801081-10901091-1100
1101-11101111-11201121-11301131-11401141-11501151-11601161-11701171-11801181-11901191-1200
→ 以下は今後改変: Vol.1235678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: 新型コロナウイルス(SARS-CoV-2|COVID-19)情報川上モデル「鍵と鍵穴」模型元素・分子が登場する本を読もう!

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※本ページの分子モデルはInternet Explorerで参照できます。Microsoft EdgeではInternet Explorerモードにして。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot+ v.2.2で取得したものです。
★旧Jmolトピックへの追記 → No.571(環境ホルモン)No.979(カプサイシン受容体)No.1046(ディールス・アルドラーゼ)


  1. Structure of a putative immature form of a Rieske-type iron-sulfur protein in complex with zinc chloride(Communications Chemistry,2023/09/09) [NEW!] ※2023/09/20公開7yr9・7yra(両者下掲)

    塩化亜鉛が結合したリースケ型鉄硫黄タンパク質 PetA 7yr9のChain A
    7yr9のChain A(塩化亜鉛が結合したリースケ型鉄硫黄タンパク質 PetA) 同PDBsumデータ7yr9_lp(PDBsumサイトデータが出たら更新) ‖ 7yraのChain A(鉄硫黄クラスターが結合したリースケ型鉄硫黄タンパク質 PetA) 同PDBsumデータ7yra_lp(同)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    リースケ型鉄硫黄タンパク質 PetA 7yr9(塩化亜鉛が結合)のChain Aと同7yra(鉄硫黄クラスターが結合)のChain A,およびそれぞれのPDBsumデータ(LigPlot+ v.2.2で取得,PDBsumサイトデータが出たら更新)


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. Structural basis of promiscuous substrate transport by Organic Cation Transporter 1(Nature Communications,2023/10/11) [NEW!] ※公開データ8sc1・8sc2・8sc3(下掲)・8sc4・8sc6

    フェノテロール(fenoterol)が結合した有機カチオントランスポーター1(OCT1)8sc3
    Organic cation transport protein - WikipediaSolute carrier family - Wikipedia
    8sc3(フェノテロールが結合した有機カチオントランスポーター1〈OCT1〉) 同PDBsumデータ8sc3_ZVJ$PDBsumデータ8sc4_MF8(メトホルミン)$ メトホルミン(metformin) → 別トピック

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左・中]フェノテロール(fenoterol)が結合した有機カチオントランスポーター1(OCT1)8sc3とそのPDBsumデータ(メトホルミン結合の8sc4との比較) [右]メトホルミン(metformin)


  3. Identification, structural, and biophysical characterization of a positive modulator of human Kv3.1 channels(PNAS,2023/10/09) [NEW!] ※2023/10/25公開8f1d・8f1c(下掲)

    ポジティブモジュレーターcompound 4が結合した電位依存性カリウムチャネル Kv3.1 8f1c
    Voltage-gated potassium channel - Wikipedia
    8f1c(compound 4が結合した電位依存性カリウムチャネル Kv3.1) X9T(compound 4)選択 同PDBsumデータ8f1c_X9T[602(A)](H原子追加)$
    4jtd(電位依存性カリウムチャネル Kv1.2-2.1〈Chain A・B・G・H・Y〉;サソリ毒カリブドトキシン〈charybdotoxin,ChTx;Chain Y〉が結合) Chain Y(カリブドトキシン)選択 同8量体(Chain A・B×4) [Charybdotoxin - Wikipedia
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ポジティブモジュレーターcompound 4が結合した電位依存性カリウムチャネル Kv3.1 8f1cとそのPDBsumデータ

      
    [左]電位依存性カリウムチャネル Kv1.2-2.1 4jtdの8量体(Chain A・B×4)
    [右]4jtd(Chain A・B・G・H・Y;Chain Yがサソリ毒カリブドトキシン〈charybdotoxin,ChTx〉)
    ※2003年ノーベル化学賞受賞のR. Mackinnonらによる


  4. 今月の分子 287:ZAR1レジストソーム(ZAR1 Resistosome)(PDBj,2023/11) [NEW!]Molecule of the Month(PDB)

    ZAR1レジストソーム集合体6j5tのChain A・B・C
    6j5tのChain A・B・C(ZAR1レジストソーム集合体) 同PDBsumデータ6j5t_DTP[901(G)]$ 同PDBsumデータ6j5t_U5P[501(I)]$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ZAR1レジストソーム集合体6j5tのChain A・B・CとそのPDBsumデータ


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