◆ Jmolで見るトピックス分子(24-5) ◆

No.1-1011-20151-200401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520521-530531-540541-550551-560561-570571-580581-590591-600
601-610611-620621-630631-640641-650651-660661-670671-680681-690691-700
701-710711-720721-730731-740741-750751-760761-770771-780781-790791-800
801-810811-820821-830831-840841-850851-860861-870871-880861-870881-890891-900
901-910911-920921-930931-940941-950951-960961-970971-980981-990991-1000
1001-10101011-10201021-10301031-10401041-10501051-10601061-10701071-10801081-10901091-1100
1101-11101111-11201121-11301131-11401141-11501151-11601161-11701171-11801181-1190
Vol.1235678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: 新型コロナウイルス(SARS-CoV-2|COVID-19)情報川上モデル「鍵と鍵穴」模型元素・分子が登場する本を読もう!

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※本ページの分子モデルはInternet Explorerで参照できます。Microsoft EdgeではInternet Explorerモードにして。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot+ v.2.2で取得したものです。
★旧Jmolトピックへの追記 → No.571(環境ホルモン)No.979(カプサイシン受容体)No.1046(ディールス・アルドラーゼ)


  1. 今月の分子 284: ATMキナーゼとATRキナーゼ(ATM and ATR Kinases)(PDBj,2023/08) [NEW!]Molecule of the Month(PDB)

    ATMキナーゼ 5np0
    ATM serine/threonine kinase - WikipediaATM serine/threonine kinase - Wikipedia
    5np0(ATMキナーゼ) アミノ酸残基2618〜3056(キナーゼドメイン)選択

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ATMキナーゼ 5np0


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. すべてのがん腫瘍細胞を殺せる画期的な分子「AOH1996」の前臨床試験に成功、ヒトを対象にした臨床試験も進行中(GIGAZINE,2023/08/03) [NEW!] ※“AOH1996はがん細胞のDNA複製において重要な役割を持っているPCNAを標的にする薬剤であり、がん腫瘍細胞を全滅させられる可能性があると期待されています”。

    がん治療薬候補 AOH1996
    AOH1996 - Wikipedia
    AOH1996
    AOH1996誘導体結合タンパク質:8gla(増殖細胞核抗原,PCNA) 同PDBsumデータ8gla_ZQZ(AOH1996-1LE)[301(A)]$PDBsumデータ8gl9_ZQW(AOH1160-1LE)[303(A)]$ [Proliferating cell nuclear antigen - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]がん治療薬候補 AOH1996
    [中・右]AOH1996誘導体のAOH1996-1LEが結合した増殖細胞核抗原(PCNA)8glaとそのPDBsumデータ(AOH1160-1LE結合の8gl9との比較)


  3. 途切れることのない必須医薬品の供給に向けて ――セファゾリンナトリウムの連続生産――(東京大学,2023/08/07) [NEW!]

    セファゾリンナトリウム(cefazolin sodium)
    セファゾリンナトリウム(cefazolin sodium)
    セファゾリン(cefazolin) [Cefazolin - Wikipedia
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    Jmol色 Rasmol色
     
    背景・黒 灰 白 

      
    [右]セファゾリンナトリウム(cefazolin sodium) [右]セファゾリン(cefazolin)


  4. ハブ毒から得た酵素によりアミロイド β を分解 〜アルツハイマー病治療法開発への貢献に期待〜(東北大学,2023/08/31) [NEW!] ※“特に、クサリヘビ科では、主要な毒成分であり、出血毒や炎症などを引き起こすことがあります”。

    阻害剤イロマスタット(ilomastat;GM6001)が結合した蛇毒メタロプロテアーゼ(SVMP)2dw0
    Metalloproteinase - WikipediaSnake venom - WikipediaIlomastat - Wikipedia
    2dw0(阻害剤GM6001が結合した蛇毒メタロプロテアーゼ) 同PDBsumデータ2dw0_GM6$
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)Galα-Glcβ-GlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    阻害剤イロマスタット(ilomastat;GM6001)が結合した蛇毒メタロプロテアーゼ(SVMP)2dw0とそのPDBsumデータ


  5. 新刊:たくさんのふしぎ 2023年10月号「いろいろ色のはじまり」 [NEW!]

    紅花色素のカルタミン(カーサミン,carthamin)
    p.2イラスト タマネギの皮:タマネギの皮の色素ケルセチン(quercetin)
    p.3イラスト 水晶:左水晶(left-handed quartz crystal) | 右水晶(right-handed quartz crystal) → 分子の科学|二酸化ケイ素の結晶構造
    p.11・26 金:金の結晶構造 → 川上モデル|分子・結晶・リガンド模型2014年は世界結晶年!
    p.15 硫化鉄鉱:黄鉄鉱(pyrite;硫化鉄鉱の例)の結晶構造 → 川上モデル|分子・結晶・リガンド模型
    p.24ほか 染料/合成染料: → 染料の種類
    p.26・37・ポスター インジゴ:インジゴ(indigo;C.I.Vat Blue 1,水不溶) | 参考 インジゴホワイト(indigo white;C.I.Reduced Vat Blue 1,水溶性) → 染料の種類
    p.28・ポスター 貝紫:チリアンパープル(tyrian purple;6,6'-dibromoindigo)
    p.30ほか・ポスター 紅花:カルタミン(カーサミン,carthamin) → 紅花の色素カルタミン
    p.34・36ほか・ポスター アカネ/アリザリン:アカネの色素成分例アリザリン(alizarin;C.I.Mordant Red 11) → 染料の種類
    ポスター モーブ:モーブ(モーベイン;mauve,mauveine;C.I.50245) モーベインA(mauveine A) | モーベインB(mauveine B) → 染料の種類
    ポスター ウコン:ウコンの色素クルクミン(curcumin) → カレーの色素・クルクミン

    (今後追加します)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

        
    左から タマネギの皮の色素ケルセチン(quercetin),水晶(左水晶と右水晶),金(結晶構造)

        
    左から 黄鉄鉱(pyrite;硫化鉄鉱の例)結晶の例とその構造,インジゴとインジゴホワイト,チリアンパープル(tyrian purple)

        
    左から カルタミン(カーサミン,carthamin),アカネの色素成分例アリザリン(alizarin),モーベインA(mauveine A)とモーベインB(mauveine B)

      

    ウコンの色素クルクミン(curcumin)

      
    合成染料関連参考図:[左]酸性染料Orange II(酸性染料C.I. Acid Orange7)の合成ページから
    [右]染料分子を含むPDBsumデータ例 → PDBsumのLigand-SITE情報と有機性・無機性


  6. 「エスプレッソ」がアルツハイマー病の原因物質の蓄積を解消してくれることが判明(GIGAZINE,2023/09/09) [NEW!] ※“カフェイン 、トリゴネリン、ゲニステイン、テオブロミン”

    トリゴネリン(trigonelline)
    Trigonelline - Wikipedia
    トリゴネリン(trigonelline)
    カフェイン(caffeine) | ※参考(カフェイン結合タンパク質のPDBsumデータ例):3rfm_CFFカフェインが結合したアデノシンA2A受容体$ → 爆薬、医薬品 世界史を変えた17の化学物質」を読むために別トピック
    テオブロミン(theobromine) [Theobromine - Wikipedia
    ゲニステイン(genistein) | ※参考(ゲニステイン結合タンパク質のPDBsumデータ例):1x7r_GENゲニステインが結合したエストロゲンレセプターα$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

          
    左から トリゴネリン(trigonelline),カフェイン(caffeine),テオブロミン(theobromine),ゲニステイン(genistein)

      
    ※参考図 [左]カフェインが結合したアデノシンA2A受容体3rfmのPDBsumデータ
    [右]ゲニステインが結合したエストロゲンレセプターα1x7rのPDBsumデータ


  7. Substrate binding and inhibition of the anion exchanger 1 transporter(Nature Structural & Molecular Biology,2023/09/07) [NEW!] ※2023/09/13公開7ty4・7ty7・8t6v・7ty6・7tya・8t6u(下掲)・7ty8

    ジピリダモール(dipyridamole)が結合したアニオン交換輸送体1(AE1) 8t6uのChain A
    Band 3 anion transport protein - Wikipedia
    8t6uのChain A(ジピリダモールが結合したアニオン交換輸送体1) H9F選択 同PDBsumデータ8t6u_H9F$
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)Galα-Glcβ-GlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ジピリダモール(dipyridamole)が結合したアニオン交換輸送体1(AE1)8t6uのChain AとそのPDBsumデータ


  8. Design and Preclinical Characterization Program toward Asundexian (BAY 2433334), an Oral Factor XIa Inhibitor for the Prevention and Treatment of Thromboembolic Disorders(Journal of Medicinal Chemistry,2023/09/05) [NEW!] ※2023/09/13公開8bo3(下掲)・8bo4・8bo5・8bo6・8bo7

    阻害剤asundexianが結合した凝固XI因子8bo3PDBj変換サービスでcif→pdb変換)
    Factor XI - Wikipedia
    8bo3(阻害剤asundexianが結合した凝固XI因子) 同PDBsumデータ8bo3_lp$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    阻害剤asundexianが結合した凝固XI因子8bo3とそのPDBsumデータ


  9. 「ムスクの香り」を網羅的に認識する嗅覚受容体の発見 〜化学構造からムスク香料の高精度な予測が可能に〜(花王,2023/09/13) [NEW!]

    カフェインが結合した嗅覚受容体OR5A2のAlphaFill構造 Q8NGI9(リガンドをカフェインだけに;A・B座標のうちA座標)
    OR5A2 - Wikipedia
    AlphaFill構造 Q8NGI9《1-324;リガンドをカフェインだけにし,AlphaFold2構造は略》% 同PDBsumデータQ8NGI9_lp$
    ※該当PDBデータ例:5mzp《0-305》(アデノシンA2A受容体;カフェイン結合) CFF(カフェイン)選択 同PDBsumデータ5mzp_CFF$ → GPCR - 2012年ノーベル化学賞
    ※ムスク系香料分子の例(*印が上掲文献に): ムスクケトン(musk ketone)* ムスクキシロール(ムスクキシレン,musk xylene) ムスコン(muscone) [Musk - Wikipedia
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

        
    左から カフェインが結合したAlphaFill構造 Q8NGI9(嗅覚受容体OR5A2)とその該当PDBデータ例5mzp(アデノシンA2A受容体),両者のPyMOLによる重ね合わせ,およびそれぞれのPDBsumデータ

      
    ムスク系香料分子の例(左から ムスクケトン,ムスクキシロール,ムスコン)とそれらの有機概念図上のプロット


  10. 温度による酵素の構造変化を分子動画撮影 様々な生体高分子のダイナミクスを決定する新たな方法論(SPring-8,2023/09/19) [NEW!] ※PDBデータ8cvu・8cvv・8cvw・8cw0・8cw1・8cw3・8cw5・8cw6・8cw7・8cw8・8cwb・8cwc・8cwd・8cwe・8cwf・8cwg・8cwh(下掲)

    阻害剤N,N'-ジアセチルキトビオース(N,N'-diacetylchitobiose)が結合したリゾチーム 8cwh
    8cwh(阻害剤N,N'-ジアセチルキトビオースが結合したリゾチーム) 同PDBsumデータ8cwh_NDG-NAG$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)Galα-Glcβ-GlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    天然タンパク質におけるアミノ酸使用のルール(東京大学プレスリリース図3を参考に着色)
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    阻害剤N,N'-ジアセチルキトビオース(N,N'-diacetylchitobiose)が結合したリゾチーム8cwhとそのPDBsumデータ


「生活環境化学の部屋」ホームページJmol版「分子の学習帳」