◆ シクロデキストリン(Jmol版) ◆
Chime版Jmolコンテンツリスト
《 初期表示はα-シクロデキストリン 》
※包接化合物は適当にドッキングしてMM2計算したもので実測ではありません。

●α-シクロデキストリン
α-シクロデキストリン
  α-シクロデキストリン+エタノール α-CD選択
  α-シクロデキストリン+フェノール α-CD選択
  α-シクロデキストリン+安息香酸 [1] α-CD選択
  α-シクロデキストリン+安息香酸 [2] α-CD選択
●β-シクロデキストリン
β-シクロデキストリン
  β-シクロデキストリン+プロスタグランジンE2 β-CD選択
●γ-シクロデキストリン
γ-シクロデキストリン
  γ-シクロデキストリン+PCB 169(3,3',4,4',5,5'-HxCB) γ-CD選択


◆シクロデキストリン類を含むPDBデータ例
1btc*(α-シクロデキストリン) 同PDBsumデータ 1btc_aCD$
3cgt(β-シクロデキストリン)
3c6gのChain B*(β-シクロデキストリン,P450 2R1,ビタミンD3
2qkh(メチル-β-シクロデキストリン)
  メチル-β-CD選択  Tyr1・Ile7選択
1d3c(γ-シクロデキストリン)
◆参考:シクロアミロース
1c58(Crystal Structure Of Cycloamylose 26)のChain A

バックボーン 二次構造 | DNA/RNA(ATGCUbackbone
全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 HB選択($印のみ) (*印のみ)
空間充填 球棒 球10% 球30% 球40% 球60% スティック スティック(太) 針金 消去
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色 ‖ 濃赤 濃青  ピンク 濃ピンク   
糖鎖別着色(#印のみ)GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcAAsn,Ser,Thr選択 | Asn Ser Thr
酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示S-S結合表示   背景・黒 灰 白 
 Chain選択: A B C D E F G H I J K L M N O P Q R


シクロデキストリンの諸性質
※佐藤充克,『シクロデキストリンの開発と特性について』,化学と教育,2001年1月号,p.5
シクロデキストリン α-CD β-CD γ-CD
構成グルコースの数 6 7 8
分子量 972 1135 1297
空洞直径(nm) 0.6 0.7-0.8 0.9-1.0
空洞内容量(nm3 0.176 0.346 0.510
水への溶解度(25℃,%) 14.5 1.85 23.2



α-シクロデキストリンの場合で示した分子の親水性・疎水性の部位



β-シクロデキストリンの分子情報(Chime版で作成)



β-シクロデキストリン+プロスタグランジンE2



メチル-β-シクロデキストリンを含む胃抑制ペプチド(胃酸分泌抑制ホルモン, GIP;B鎖)とGIP受容体(A鎖2qkh
※メチル-β-CDに包摂されているのはB鎖Tyr1およびIle7


  
α-シクロデキストリンを含む1btcのSITE部分(分子はこちらでも参照可能)



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