◆ エタノール捕捉! ◆
= リガンドとしてEtOHを含むPDBデータ集 =
アルコールとフェノールサイエンスアゴラ2011に出典!!


エタノール(ethanol) C2H5OH
融点=-114.1℃ 沸点=78.32℃
水溶性: 混和 log P=-0.31
空間充填 球棒 スティック
   
背景・黒 灰 白 



1alz(グラミシジンD) | 2erl(接合ホルモン) | 3auw(Kチャネル) ‖ 参考Webページ・文献例


バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 全リガンド選択 エタノール選択
空間充填 球棒 球60% スティック 針金
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合(太) OFF
 
 
背景・黒 灰 白 
エタノール溶媒中のペプチド系抗生物質グラミシジンDの構造例 1alz(リガンドは座標2種のうちAのみ)


1alz_EOH_507A(SITEにDLE含む。H原子は手動で追加)
I'/O'=0.7222(DLE除いて)
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 



バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 全リガンド選択 エタノール選択
空間充填 球棒 球60% スティック 針金
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合(太) OFF
 
 
背景・黒 灰 白 
エタノール溶媒中のペプチド系抗生物質グラミシジンDの構造例 2erl(リガンドは座標2種のうちAのみ)


2erl_EOH(H原子を手動で追加)
I'/O'=1.3438
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 



バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 全リガンド選択 エタノール選択
空間充填 球棒 球60% スティック 針金
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合(太) OFF
 
 
背景・黒 灰 白 
エタノールを含むKチャネル構造例 3auwの8量体(Chain AB×4)


3auw_EOH
I'/O'=1.1538
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 





「生活環境化学の部屋」ホームページJmol版「分子の学習帳」Chime版「分子の学習帳」