◆ 今週の分子 ◆
連載104(2006/01/12〜):
ラメラリン α20-サルフェート(HIVインテグラーゼ阻害剤)

 2006年最初の分子は,ラメラリン α20-サルフェート。エイズ薬として期待されている天然化合物の人工合成が可能になったという以下のニュースに出ていたものです。

 記事にあるように,従来のエイズ治療薬の主流は逆転写酵素阻害剤(核酸系,非核酸系)とプロテアーゼ阻害剤で,それらとは異なるインテグラーゼ阻害剤の研究が注目されている中での朗報であり,これまでのものとは分子構造が異なるという点で注目される。これにより同化合物やラメラリン系化合物の大量生産が可能になれば,治験が進むことになる。


〔左〕ラメラリン α20-サルフェート(lamellarin α20-sulfate,Web資料[PDF]を参考に作成)
〔右〕参考:従来の阻害剤を含むHIVインテグラーゼのPDBデータ例1qs4のA鎖(阻害剤は5ClTEP;Web資料参照)
→ 他のHIV薬の例:HIVとエイズ
※参考:Googleによる“lamellarin alpha 20-sulfate”検索結果


ラメラリン α20-サルフェート(lamellarin α20-sulfate)

空間充填  球棒モデル  スティック  OFF
ドット表面表示  OFF |  ラベル表示  OFF
軸表示  OFF |  bounding box表示  OFF
静電ポテンシャル  親油ポテンシャル  OFF

光沢表示  OFF |  光量30%  OFF
原子球・白  OFF(CPK)
回転  OFF
背景・黒  背景・灰  背景・白
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【参考】CASTpデータで見るHIVインテグラーゼとその阻害剤
CASTpは,PDB ID または Keyword Search(例えば receptor など),あるいはデータアップでポケット部位が探索可能なサイトです.
●1qs4 Chain AのCASTpデータから
初期表示
   D64,D116,E152,K156,K159選択 #1
Pocketベスト3表示
   Pocket 20構成アミノ酸選択 | Pocket 24構成アミノ酸選択 | Pocket 25構成アミノ酸選択
Mouthベスト3表示
   Mouth 20構成アミノ酸選択 | Mouth 13構成アミノ酸選択 | Mouth 23構成アミノ酸選択
◆CASTpのPocket部分抽出データから
全ポケットデータ(Pocketベスト3を除いて黄色表示)+ 阻害剤5ClTEP
◆CASTpのMouth部分抽出データから
全ポケットデータ(Mouthベスト3を除いて黄色表示)+ 阻害剤5ClTEP
タンパク質バックボーン 同・二次構造
リガンド表示 OFF
水分子表示(*印データのみ)  OFF

全選択 リガンド選択 タンパク質選択

空間充填 球棒 球・大き目 スティック OFF
CPK色 アミノ色 | 濃赤 濃青
薄紫 薄橙 薄緑
薄黄銅色 薄ピンク 薄水色

ラベル表示 OFF
ドット表面表示 OFF
静電ポテンシャル OFF
親油ポテンシャル OFF
水素結合(細) 同(太) OFF
S-S結合(太) OFF
S原子(Protein中)空間充填
光沢表示 OFF 光量30% OFF
背景・黒 背景・灰 背景・白
回転 OFF 画像をクリップボードへコピー

酸性・中性・塩基性アミノ酸区別
極性・非極性区別
疎水性インデックス順
等電点順


※amino表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR
ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO

= 以下の表示はアミノ酸の親水性・疎水性参照 =
酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR
ASN GLN PRO MET
 PHE TYR TRP LYS ARG HIS

極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG
HIS
 GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP

※疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP
SER THR GLY
 ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE

※等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP
VAL GLY LEU
 ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


HIVインテグラーゼのCASTpデータ(PocketとMouthのサイズ)
※PocketはVol_msのベスト3,MouthはArea_msのベスト3(単位は,AreaがÅ2,VolumeがÅ3
PDB ID Ligand Pocket Mouth
Pocket No. Area Volume Mouth No. Area
1qs4_A 5ClTEP 20 81.93 123.37 20 73.83
24 137.98 113.66 13 51.05
25 145.16 106.34 23 50.44




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