PDBデータを詳細に見るために

  1. このページ（htmlデータ）をCドライブの適当なフォルダに保存する。
  2. インターネット接続または「動く分子事典」付録CD-ROMにより，任意のPDBデータを表示させ，分子上で右クリックして「File → Save Molecule As」で上と同じフォルダで保存する（Chime形式で表示されている場合）。Protein Data Bank (RCSB PDB)では，左欄『Download Files』の『PDB File』を右クリックして同様に保存するが，この時ファイル名が大文字・小文字に注意して必要に応じて変更して保存する。
  3. 最初に保存したhtmlデータをメモ帳などのエディタで読み込み，★印のある行のデモデータ名1aay.pdbを，2 で保存したPDBデータ名に書き換えて保存する。元のhtmlを残したい場合は，保存ファイル名を変更する（例えばpdb01.htmlなど）。
  4. エクスプローラを起動して，再保存したhtmlデータを開けば分子モデルが表示され，以下のボタンを押すだけで様々な形式で参照できる（IE以外のブラウザを利用のこと）。

※amino表示の凡例
ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR
ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
＝ 以下の表示はアミノ酸の親水性・疎水性参照 ＝
※酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR
ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
※極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG
HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
※hydropathy index順
ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP
SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
※log P値順
ARG　ASP　ASN　GLU　GLN　HIS　GLY　SER　LYS　THR
ALA　PRO　CYS　VAL　TYR　MET　ILE　LEU　PHE　TRP
※等電点順
ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP
VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG
Backbone 2nd Structure Termini
DNA/RNA（ATGCU）
Ligands表示 OFF
Water表示　 OFF

全選択 Ligand選択
Protein選択
DNA/RNA全選択 同backbone選択

空間充填 球棒 スティック OFF
CPK amino ｜ ラベル表示 OFF
Dot Surface表示 OFF
水素結合（細） 同（太） OFF
S-S結合（太） OFF
S原子（Protein中）空間充填
静電ポテンシャル 同（透明） OFF
親油ポテンシャル 同（透明） OFF
Specular OFF ｜ 光量30% OFF
背景・黒 背景・灰 背景・白
回転 OFF
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酸性・中性・塩基性アミノ酸区別
極性・非極性区別
hydropathy index順（Protein）
log P値順
等電点順

※サンプルのpdb1aay.pdbは，下記文献記載の“Zinc Finger”を3つ持っている．
Zinc Finger の PROSITE pattern： C-x(2,4)-C-x(3)-[LIVMFYWC]-x(8)-H-x(3,5)-H
《参考》Googleによる「"Zinc Finger" PROSITE」検索結果，PDBデータのLigand結合部位（1aay・作成図例4参照；マニュアル）
◎広川貴次・美宅成樹，「できるバイオインフォマティクス」，pp.81-84，中山書店(2002)

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