◆ レトロウイルスのキャプシド六角環構造 ◆

※分子モデル表示にはプラグインのChimeが必要です(詳細ダウンロード方法

  

このコンテンツは以下を参考に作成しました。
◎坪井正道,『レトロウィルス成熟過程でのキャプシド六角環の形成』,現代化学,2005年2月号,東京化学同人
◎G. B. Mortuza ほか, ,“High-resolution structure of a retroviral capsid hexameric amino-terminal domain”Nature431,481(2004) [PDF]


レトロウイルスのキャプシド六角環構造の例
PDBデータ1u7k(ネズミ白血病ウイルス成熟体中のキャプシド分子N末端部分)より作成 → オリジナルPDBデータを別窓に表示
※初期表示では,2次構造表示にした上で,α1濃青,α2,α3水色にし,さらに六角形形成部分を空間充填・アミノ色表示
●1u7k
1u7k(全体) | 初期表示
六角形-1表示(隣接α1-α1間)| 同部分選択
六角形-2表示(主に隣接α1-α2間) | 同部分選択
六角形-3表示(隣接α2-α3間) | 同部分選択
六角形1〜3表示 | 同部分選択
全α-helix選択 | α1 | α2 | α3 | α4 | α5 | α6
全β-helix選択# β1 | β2
 # PDBデータヘッダ記載ではβ1がアミノ酸番号2-4,β2が同10-12(Chain Bのみ一部異なるが無視)
タンパク質バックボーン 同・二次構造
リガンド表示 OFF
水分子表示  OFF

全選択 リガンド選択 タンパク質選択

空間充填 球棒 球・大き目 スティック OFF
CPK色 アミノ色 チェイン | 水分子赤
濃赤 濃青 濃ピンク 水色
ラベル表示 OFF
ドット表面表示 OFF
静電ポテンシャル OFF
親油ポテンシャル OFF
水素結合(細) 同(太) OFF
S-S結合(太) OFF
S原子(Protein中)空間充填
光沢表示 OFF 光量30% OFF
背景・黒 背景・灰 背景・白
Z軸回転 Y軸回転 X軸回転 OFF
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酸性・中性・塩基性アミノ酸区別
極性・非極性区別
疎水性インデックス順
等電点順


※amino表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR
ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO

= 以下の表示はアミノ酸の親水性・疎水性参照 =
酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR
ASN GLN PRO MET
 PHE TYR TRP LYS ARG HIS

極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG
HIS
 GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP

※疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP
SER THR GLY
 ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE

※等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP
VAL GLY LEU
 ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG



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