◆ Jmolで見るトピックス分子(27-2) ◆

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1301-1310
Vol.1235678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: 新型コロナウイルス(SARS-CoV-2|COVID-19)情報川上モデル「鍵と鍵穴」模型元素・分子が登場する本を読もう!

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※本ページの分子モデルはMicrosoft EdgeでInternet Explorerモードにして参照できます。
※分子モデルが表示されない場合は分子表示窓右の別データ表示ボタンを押してみてください。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot+ v.2.2で取得したものです。
★旧Jmolトピックへの追記 → No.571(環境ホルモン)No.979(カプサイシン受容体)No.1046(ディールス・アルドラーゼ)


  1. 『化学』,2025年6月号(化学同人) [NEW!]


    『化学』2025年6月号ほか最近の発行号,右端は本サイト運営者記事掲載号

    初期表示はテトロドトキシン(tetrodotoxin, TTX)
    p.15: ダイヤモンド(diamond) → フラーレン p.27: ジギトニン関連データとして:7xziのChain A・B(ジギトニンとイノシトール6リン酸が結合したTOC-TIC超複合体中のCtap3・Ctap4〈Ctapは葉緑体トランスロコン関連タンパク質〉) AJP(ジギトニン)選択 IHP(イノシトール6リン酸)選択 同PDBsumデータ7xzi_AJP[305(B)]$ → 別トピック
    p.37: ナイロン6(nylon 6)の繰り返し単位 | ナイロン66:ナイロン66(nylon 66)の繰り返し単位 → 代表的な高分子
    p.38: ポリエチレンテレフタラート(polyethylene terephthalate,PET)の繰り返し単位
    p.39: ポリビニルアルコール(polyvinyl alcohol,PVA)の繰り返し単位 | ビニロン(vinylon,VA部分+ホルマール化部分)
    p.43:テトロドトキシン(tetrodotoxin, TTX) | TDT(5,6,11-trideoxyTTX) | TTXとTDTの同時表示 → 別トピック[1][2]
    (今後も追記します)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    ヒトの必須・非必須区別
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ※ジギトニン関連参考データ:
    ジギトニンとイノシトール6リン酸が結合したTOC-TIC超複合体中のCtap3・Ctap47xziのChain A・BとPDBsumデータ
    (Ctapは葉緑体トランスロコン関連タンパク質)


    ポリエチレンテレフタラート(polyethylene terephthalate,PET)の繰り返し単位


    ※参考:テトロドトキシン(TTX)とその類縁体例 TDT(5,6,11-trideoxyTTX)

      
    [左]TTXの作用機序模式図
    [中・右]TTXが結合した電位依存性ナトリウムチャネルNav1.7 6j8jとそのPDBsumデータ


    ※関連情報:上掲誌発刊の化学同人は「一家に1枚」シリーズの周期表作成に貢献しており,
    同周期表は令和7年度 科学技術分野の文部科学大臣表彰を受賞しました。
     → 別トピック(2019年は国際周期表年)


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
      ●ヒトの必須・非必須区別
      ILE LEU VAL PHE MET TRP LYS HIS THR ARG ALA PRO CYS TYR GLY GLU GLN ASP SER ASN


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!

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