◆ Jmolで見るトピックス分子(25-3) ◆

No.1-1011-20151-200401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520521-530531-540541-550551-560561-570571-580581-590591-600
601-610611-620621-630631-640641-650651-660661-670671-680681-690691-700
701-710711-720721-730731-740741-750751-760761-770771-780781-790791-800
801-810811-820821-830831-840841-850851-860861-870871-880861-870881-890891-900
901-910911-920921-930931-940941-950951-960961-970971-980981-990991-1000
1001-10101011-10201021-10301031-10401041-10501051-10601061-10701071-10801081-10901091-1100
1101-11101111-11201121-11301131-11401141-11501151-11601161-11701171-11801181-11901191-1200
1201-12101211-1220
→ 以下は今後改変: Vol.1235678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: 新型コロナウイルス(SARS-CoV-2|COVID-19)情報川上モデル「鍵と鍵穴」模型元素・分子が登場する本を読もう!

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※本ページの分子モデルはMicrosoft EdgeでInternet Explorerモードにして参照できます。
※分子モデルが表示されない場合は分子表示窓右の別データ表示ボタンを押してみてください。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot+ v.2.2で取得したものです。
★旧Jmolトピックへの追記 → No.571(環境ホルモン)No.979(カプサイシン受容体)No.1046(ディールス・アルドラーゼ)


  1. Transport mechanism of presynaptic high-affinity choline uptake by CHT1(Nature Structural & Molecular Biology,2024/04/08) [NEW!] ※2024/04/10公開データ8j75(下掲)・8j76・8j77

    阻害剤ヘミコリニウム-3(hemicholinium-3)が結合した高親和性コリントランスポーター1(CHT1) 8j75
    Choline transporter - WikipediaHemicholinium-3 - Wikipedia
    8j75(阻害剤ヘミコリニウム-3〈hemicholinium-3〉が結合した高親和性コリントランスポーター1〈CHT1〉)8j75 同PDBsumデータ8j75_lp$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)Galα-Glcβ-GlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    阻害剤ヘミコリニウム-3(hemicholinium-3)が結合した高親和性コリントランスポーター1(CHT1)8j75とそのPDBsumデータ /FONT>


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. 痛みに向き合う実績と効き目に迫れ! サッカー元日本代表・大久保嘉人がロキソニンを学ぶ(withnews,2024/03/28) [NEW!] ※“鎮痛消炎成分「ロキソプロフェンナトリウム水和物」”のロキソプロフェンを下掲

    ロキソプロフェン(loxoprofen;異性体あり)
    Loxoprofen - Wikipedia
    ロキソプロフェン(loxoprofen;異性体あり)
    ※他の鎮痛薬例
    アセトアミノフェン(acetaminophen)
    アセチルサリチル酸(acetylsalicylic acid)
    イブプロフェン(ibuprofen) → 抗生物質分子データ集

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    CPK色 Jmol色 Rasmol色
     
    背景・黒 灰 白 


    ロキソプロフェン(loxoprofen;異性体あり)


  3. Emergence of fractal geometries in the evolution of a metabolic enzyme(Nature,2023/04/10) [NEW!] ※2023/01/04公開8an1・8bp7・8bei・8rjk・8rjl(下掲)

    クエン酸シンターゼ8rjlのChain A・C・E・F・G・K・L・O・P
    Citrate synthase - Wikipedia
    8rjlのChain A・C・E・F・G・K・L・O・P(クエン酸シンターゼ)
    ※別クエン酸シンターゼ例:1a59
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    クエン酸シンターゼ8rjlのChain A・C・E・F・G・K・L・O・P


  4. 書籍紹介: キース・ベロニーズ 著・渡辺 正 訳,「奇跡の薬16の物語」,化学同人(2024) [NEW!]


    本書(右)と,同じ訳者による「星屑から生まれた世界」(左)

    イブプロフェンが結合したシクロオキシゲナーゼ-2(COX-2)4ph9のChain A
    p.2ほか イブプロフェン:イブプロフェン(ibuprofen) → 抗生物質分子データ集4ph9のChain A(イブプロフェンが結合したシクロオキシゲナーゼ-2〈COX-2〉) IBP(イブプロフェン)選択 同PDBsumデータ 4ph9_IBP$ → 今月の分子 171:シクロオキシゲナーゼ(Cyclooxygenase)(PDBj,2001/05)
    p.6ほか アスピリン(アセチルサリチル酸):アスピリン(aspirin)
    p.8 オクタノール:オクタノール(octanol) → アルコールとフェノールLog Pをポケットに!
    p.17 エストロゲン: エストロゲン(女性ホルモン)は3種総称 エストロン(estrone) | エストラジオール(17β-エストラジオール,17β-estradiol) | エストリオール(estriol) → 性ホルモン - ステロイドホルモンの生合成と代謝
    p.ほか :()
    p.ほか :()
    p.25ほか ペニシリン:ペニシリンG(penicillin G) → 抗生物質分子データ集
    p.39 アンピシリン:アンピシリン(ampicillin) → 抗生物質分子データ集
    p.87 イプロニアジド:イプロニアジド(iproniazid)
    p.89 イソニアジド:イソニアジド(isoniazid) → 抗生物質分子データ集
    p.70ほか アセトアミノフェン:アセトアミノフェン(acetaminophen)
    p.102 アデノシン三リン酸(ATP):ATP
    p.137 硫黄マスタード(マスタードガス):硫黄マスタード(sulfur mustard) → 地下鉄サリン事件
    p.215 アルギニン:アルギニン(arginine,Arg) → タンパク質中の20種類のアミノ酸
    p.233 インスリン: インスリン(insulin)構造例 1trzのChain A・B → ヒトゲノムマップに見るタンパク質
    (今後も追加します;紹介書索引順に追加)

    バックボーン 二次構造
    DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)Galα-Glcβ-GlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    p.2ほか:[左]イブプロフェン(ibuprofen)
    [中・右]イブプロフェンが結合したシクロオキシゲナーゼ-2(COX-2)4ph9のChain AとそのPDBsumデータ


    p.233:インスリン(insulin)構造例 1trzのChain A・B


    p.8:「オクタノール/水」分配係数


  5. 抗てんかん薬が効く仕組みを解明 −新たな抗てんかん薬やPETプローブの開発に寄与−(理研,2024/04/18) [NEW!] ※2024/05/01公開データ8jlc・8jle・8js8・8jlh・8jli・8jlf・8jlg・8js9・8k77(下掲)

    ブリバラセタム(brivaracetam)が結合したSV2A-A型ボツリヌス毒素受容体8k77のChain A(cif→pdbデータ変換
    Brivaracetam - Wikipedia
    8k77のChain A(ブリバラセタム〈brivaracetam〉が結合したSV2A-A型ボツリヌス毒素受容体) 同PDBsumデータ8k77_lp$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)Galα-Glcβ-GlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ブリバラセタム(brivaracetam)が結合したSV2A-A型ボツリヌス毒素受容体8k77のChain AとそのPDBsumデータ(cif→pdbデータ変換


  6. 今月の分子 293:CFTRと嚢胞性線維症(CFTR and Cystic Fibrosis)(PDBj,2024/05) [NEW!]Molecule of the Month(PDB)

    CFTR(嚢胞性線維症膜貫通伝導制御因子)8eiq
    Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator - Wikipedia
    8eiq(CFTR;エレクサカフトール〈elexacaftor〉,テザカフトール〈tezacaftor〉,アイバカフトール〈ivacaftor〉ほかが結合) WJX・CV6・VX7(エレクサカフトール・テザカフトール・アイバカフトール)選択 同PDBsumデータ8eiq_WJX(エレクサカフトール〈elexacaftor〉)$ [Elexacaftor - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    エレクサカフトール(elexacaftor),テザカフトール(tezacaftor),アイバカフトール(ivacaftor),ATPが結合したCFTR 8eiqとそのPDBsumデータ(エレクサカフトール〈elexacaftor〉)


  7. Discovery of WRN inhibitor HRO761 with synthetic lethality in MSI cancers(Nature,2024/04/24) [NEW!] ※2024/04/24公開PDBデータ8pfp・8pfl・8pfo(下掲)

    阻害剤HRO761が結合したWRN構造8pfo
    Werner syndrome helicase - Wikipedia
    8pfo(阻害剤HRO761が結合したWRN構造) 同PDBsumデータ8pfo_YHC$
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    阻害剤HRO761が結合したWRN構造8pfoとそのPDBsumデータ


  8. 書籍紹介: 小林憲正,「生命と非生命のあいだ 地球で「奇跡」は起きたのか」,講談社ブルーバックス(2024) [NEW!]

    PDBデータ 3j7u(カタラーゼの構造例)
    Catalase - Wikipedia
    p.51 インスリン: インスリン(insulin)構造例 1trzのChain A・B → ヒトゲノムマップに見るタンパク質
    p.86 アラニン:アラニン(alanine,Ala) → タンパク質中の20種類のアミノ酸
    p.151 黄鉄鉱(パイライト):黄鉄鉱(パイライト,pyrite)部分構造 | Fe2S2・Fe4S4・Fe3S4(以上2wqyより),Fe8S73minより),黄鉄鉱(pyrite)部分構造の同時表示 → 鉄硫黄クラスターを含む生体分子のSITE例
    p.148 カタラーゼ:3j7u(カタラーゼの構造例) 同PDBsumデータ3j7u_HEMs(H原子追加)$ → 別トピック

    バックボーン 二次構造
    DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    p.51:インスリン(insulin)構造例 1trzのChain A・B

      
    p.148:[左]3j7u(Chain色;小さめの白球表示はH原子)
    [右]同PDBsumデータ(アミノ酸はI/O値順着色;白色は追加したH原子)


    p.151:鉄硫黄鉱物と鉄硫黄クラスター


  9. Molecular Aggregation Strategy for Inhibiting DNases(JACS,2024/04/16) [NEW!]

    Mn007(Mannan-007);異性体あり
    Mn007(Mannan-007);異性体あり
    ※参考(DNase構造例):2xh3のChain A
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]Mn007(Mannan-007);異性体あり [右]参考のDNase構造例:2xh3のChain A


  10. 植物の発根を促進する新規機能性アミノ酸を同定 −成長制御による植物バイオマスの増大に期待−(理研,2024/05/24) [NEW!]

    L-2-アミノピメリン酸(L-2-aminopimelic acid)
    L-2-アミノピメリン酸(L-2-aminopimelic acid)
    ※参考(同分子結合データ例):5e3r(テトラヒドロピコリン酸-N-サクシニルトランスフェラーゼ〈DapD〉) NPI(L-2-アミノピメリン酸)選択 同PDBsumデータ5e3r_NPI$
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]L-2-アミノピメリン酸(L-2-aminopimelic acid)
    [右]同分子結合の参考構造例:トラヒドロピコリン酸-N-サクシニルトランスフェラーゼ(DapD)5e3rとそのPDBsumデータ



    タンパク質中の20種類のアミノ酸


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