ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※本ページの分子モデルはMicrosoft EdgeでInternet Explorerモードにして参照できます。
※分子モデルが表示されない場合は分子表示窓右の別データ表示ボタンを押してみてください。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot+ v.2.2で取得したものです。
★旧Jmolトピックへの追記 → No.571(環境ホルモン) | No.979(カプサイシン受容体) | No.1046(ディールス・アルドラーゼ)
阻害剤ヘミコリニウム-3(hemicholinium-3)が結合した高親和性コリントランスポーター1(CHT1)8j75とそのPDBsumデータ
[Loxoprofen - Wikipedia]
ロキソプロフェン(loxoprofen;異性体あり)
[Citrate synthase - Wikipedia]
クエン酸シンターゼ8rjlのChain A・C・E・F・G・K・L・O・P
本書(下右)と,同書登場分子等が掲載されている拙著2冊(何れも共著・絶版)
下右は「パソコンで見る動く分子事典」,上は「新版 有機概念図 基礎と応用」
p.2ほか:[左]イブプロフェン(ibuprofen)
[中・右]イブプロフェンが結合したシクロオキシゲナーゼ-2(COX-2)4ph9のChain AとそのPDBsumデータ
p.7・106・247ほか:[左]モルヒネ(morphine)ほかドラッグ例の有機概念図
[右]左図赤字の分子モデル(有機概念図にほぼ該当する配置)
→ 危険ドラッグ
p.10:抱水クロラール(chloral hydrate)
p.6ほか:アスピリン(Aspirin;アセチルサリチル酸 acetylsalicylic acid)
p.8:「オクタノール/水」分配係数
[左]オクタノール/水 分配係数(log POW)説明図
→ Log Pをポケットに! | 分子と分子の相互作用(QSARと有機概念図から)
[右]有機概念図で見る医薬品と三大栄養素
→ 有機概念図(log POW推算可能)
p.95:ジゴキシン(digoxin)
p.102:参考データ:ブファリン(bufalin)が結合したNa+/K+-ATPアーゼ7d94のChain A・B・G
p.184:コロネン(coronene)
参考:ベンゾ[ghi]ペリレン(benzo[ghi]perylene)とコロネン(coronene)の同時表示(●は炭素)
→ 別トピック
p.191:ミノキシジル(minoxidil)
p.209:バイアグラ(Viagra…商品名) p.209:PDE5
[左]シルデナフィル(sildenafil,商品名:バイアグラ Viagra)
[中・右]シルデナフィルが結合したホスホジエステラーゼ5(PDE5)1udtとPDBsumデータ
p.226:参考(新型コロナワクチンのmRNAワクチン関連):ウリジン(uridine)とシュードウリジン(pseudouridine)の同時表示
p.233:インスリン(insulin)構造例 1trzのChain A・B
p.247:CYP2D6構造例 4wnvのChain A(キニーネが結合したCYP2D6〈P450 2D6〉)とPDBsumデータ
[Brivaracetam - Wikipedia]
[左]ブリバラセタム(ブリーバラセタム,brivaracetam)
[中・右]同分子が結合したSV2A-A型ボツリヌス毒素受容体8k77のChain AとそのPDBsumデータ(cif→pdbデータ変換)
[Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator - Wikipedia]
エレクサカフトール(elexacaftor),テザカフトール(tezacaftor),アイバカフトール(ivacaftor),
ATPが結合したCFTR 8eiqとPDBsumデータ(エレクサカフトール〈elexacaftor〉)
CFTR(嚢胞性線維症膜貫通伝導制御因子)9dw8のChain AとPDBsumデータ(P-ATP)
[Werner syndrome helicase - Wikipedia]
阻害剤HRO761が結合したWRN構造8pfoとそのPDBsumデータ
セントラルドグマの模式図
[Catalase - Wikipedia]
p.51:インスリン(insulin)構造例 1trzのChain A・B
p.148:[左]3j7u(Chain色;小さめの白球表示はH原子)
[右]同PDBsumデータ(アミノ酸はI/O値順着色;白色は追加したH原子)
p.151:鉄硫黄鉱物と鉄硫黄クラスター
[左]Mn007(Mannan-007);異性体あり [右]参考のDNase構造例:2xh3のChain A
[左]L-2-アミノピメリン酸(L-2-aminopimelic acid)
[右]同分子結合の参考構造例:トラヒドロピコリン酸-N-サクシニルトランスフェラーゼ(DapD)5e3rとそのPDBsumデータ