◆ Jmolで見るトピックス分子(25-4) ◆

No.1-1011-20151-200401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520521-530531-540541-550551-560561-570571-580581-590591-600
601-610611-620621-630631-640641-650651-660661-670671-680681-690691-700
701-710711-720721-730731-740741-750751-760761-770771-780781-790791-800
801-810811-820821-830831-840841-850851-860861-870871-880861-870881-890891-900
901-910911-920921-930931-940941-950951-960961-970971-980981-990991-1000
1001-10101011-10201021-10301031-10401041-10501051-10601061-10701071-10801081-10901091-1100
1101-11101111-11201121-11301131-11401141-11501151-11601161-11701171-11801181-11901191-1200
1201-12101211-12201221-1230
→ 以下は今後改変: Vol.1235678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: 新型コロナウイルス(SARS-CoV-2|COVID-19)情報川上モデル「鍵と鍵穴」模型元素・分子が登場する本を読もう!

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※本ページの分子モデルはMicrosoft EdgeでInternet Explorerモードにして参照できます。
※分子モデルが表示されない場合は分子表示窓右の別データ表示ボタンを押してみてください。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot+ v.2.2で取得したものです。
★旧Jmolトピックへの追記 → No.571(環境ホルモン)No.979(カプサイシン受容体)No.1046(ディールス・アルドラーゼ)


  1. 抗インフルエンザ薬を脳梗塞の再生医療に(自然科学研究機構 生理学研究所,2024/05/24) [NEW!]

    ザナミビル(zanamivir)
    Zanamivir - Wikipedia
    ザナミビル(zanamivir)
    ※参考(ザナミビル結合PDBデータ例):1a4gChain A(ザナミビル〈zanamivir〉が結合したノイラミニダーゼ) 同PDBsumデータ1a4g_ZMR$
    ※参考(上掲記事のシアル酸関連データ):Sia(例として N-アセチルノイラミン酸;糖鎖に含まれる単糖) → 糖タンパク質データ集

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)Galα-Glcβ-GlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]ザナミビル(zanamivir)
    [中・右]ザナミビル結合ノイラミニダーゼ構造例1a4gのChain AとそのPDBsumデータ


    ザナミビル〔※リレンザ〕を含むPDBデータ1a4gのChain A → 新しい風邪薬・インフルエンザ治療薬


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. Dimerization and antidepressant recognition at noradrenaline transporter(Nature,2024/05/15) [NEW!] ※2023/05/29公開8y94・8yr2(下掲)・8y95・8y92・8y8z・8y93・8y90・8y91

    ニソキセチン(nisoxetine)が結合したノルアドレナリントランスポーター8yr2のChain A(cif→pdbデータ変換
    Norepinephrine transporter - WikipediaNisoxetine - Wikipedia
    8yr2のChain A(ニソキセチンが結合したノルアドレナリントランスポーター) 41U(ニソキセチン)選択 同PDBsumデータ8yr2_lp$
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ニソキセチン(nisoxetine)が結合したノルアドレナリントランスポーター8yr2のChain AとそのPDBsumデータ


  3. ナノ粒子化γ-オリザノールによる認知機能改善効果の実証 〜玄米機能成分の摂取が加齢に伴う認知機能低下を防止・改善できる〜(琉球大学,2024/05/30) [NEW!] ※“生体適合性ナノ粒子:株式会社Sentan Pharmaが開発した技術。ポリビニルアルコール(PVA)および乳酸−グリコール酸共重合体(PLGA)を主な成分とする粒子で、薬剤や機能性成分を含有させることを「ナノ粒子化」と呼ぶ”,“γ-オリザノールとは、米糠の脂質に含有される、フェルラ酸とステロールとが縮合したエステル類の総称”。

    γ-オリザノール(γ-oryzanol)
    γ-Oryzanol - Wikipedia
    γ-オリザノール(γ-oryzanol)
    ※以下参考
    ポリビニルアルコール(PVA) → 代表的な高分子
    コレステロール(cholesterol;ステロール代表例) → 性ホルモン - ステロイドホルモンの生合成と代謝


    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    CPK色 Jmol色 Rasmol色
     
    背景・黒 灰 白 


    γ-オリザノール(γ-oryzanol)


  4. A Gram-negative-selective antibiotic that spares the gut microbiome(Nature,2024/05/29) [NEW!]

    ロラマイシン(lolamicin)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    CPK色 Jmol色 Rasmol色
     
    背景・黒 灰 白 


    ロラマイシン(lolamicin)


  5. 今月の分子 294:インジェクティソーム(Injectisome)(PDBj,2024/06) [NEW!]Molecule of the Month(PDB)

    サルモネラ菌のインジェクティソーム(injectisome)7ah9のChain 1A・1F・1G・1K・1Z・2J・5P・6A・7B
    mmCIF → PDB converterでcif→pdb変換)
    7ah9のChain 1A・1F・1G・1K・1Z・2J・5P・6A・7B(サルモネラ菌のインジェクティソーム〈injectisome〉) Met(メチオニン)α炭素ラベル表示 …上掲記事“メチオニンがスムーズに分かれて、細いタンパク質鎖(赤色)が通過できるようになる”より

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    サルモネラ菌のインジェクティソーム(injectisome)7ah9のChain 1A・1F・1G・1K・1Z・2J・5P・6A・7B
    mmCIF → PDB converterでcif→pdb変換)


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