◆ Jmolで見るトピックス分子(27-5) ◆

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1301-13101311-13201321-13301331-1340
Vol.1235678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: 新型コロナウイルス(SARS-CoV-2|COVID-19)情報川上モデル「鍵と鍵穴」模型元素・分子が登場する本を読もう!

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※本ページの分子モデルはMicrosoft EdgeでInternet Explorerモードにして参照できます。
※分子モデルが表示されない場合は分子表示窓右の別データ表示ボタンを押してみてください。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot+ v.2.2で取得したものです。


  1. Expediting hit-to-lead progression in drug discovery through reaction prediction and multi-dimensional optimization(Nature Communications,2025/11/26) [NEW!] ※2025/12/10公開9i3y・9i56・9i5j(下掲)・9i9c

    compound 27が結合したモノアシルグリセロールリパーゼ9i5j
    Monoacylglycerol lipase - Wikipedia
    9i5j(compound 27が結合したモノアシルグリセロールリパーゼ,cif→pdb変換) 同PDBsumデータ9i5j_lp$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    ヒトの必須・非必須区別
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    compound 27が結合したモノアシルグリセロールリパーゼ9i5jとPDBsumデータ



    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. 抗ウイルス活性を有する複雑天然物の世界初の完全化学合成 トリゴチェリンAおよびCの全合成(東京大学,2025/11/27) [NEW!]

    トリゴチェリンA(trigocherrins A)
    I = 576, O = 840, I/O = 0.686
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    CPK色 Jmol色 Rasmol色
     
    背景・黒 灰 白 


    トリゴチェリンA(trigocherrins A)


  3. The specificity and structure of DNA cross-linking by the gut bacterial genotoxin colibactin(Science,2025/12/04) [NEW!] ※2025/05/25公開9oso(下掲)

    コリバクチン(colibactin)が結合したDNA 9oso
    Colibactin - Wikipedia
    9oso(コリバクチンが結合したDNA,cif→pdb変換) 同PDBsumデータ9oso_lp$
    バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 DNA/RNA(ATGCUbackbone) リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    ヒトの必須・非必須区別
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    コリバクチン(colibactin)が結合したDNA 9osoとPDBsumデータ


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