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《 リンク資料の一部は分子表示プラグインChimeが必要です → ダウンロード方法 》
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参考：p.23のプロテインキナーゼ阻害剤スタウロスポリンを含むPDBデータ例1aq1のSITE部分
参考：リツキシマブ関連PDBデータ例1l6x（糖タンパク質データ集にデータ転載）
参考：ノロウイルス由来PDBデータ例1wqs
GluRS-tRNA複合体の構造例2dxiのChain A・C
参考：レポート本文 [PDF] に掲載されているPDFデータから2ezv（制限酵素SfiIとDNA）
参考：マウスdectin-1のPDBデータ例2bpe
参考：抗がん剤トラスツズマブ（ハーセプチン）が結合したErbB受容体のPDBデータ例1n8z
掲載データ例1muh；左はPDBオリジナル，右はPQSによる六量体（Chain A・B・C×2；こちらで参照可）
参考：村上 聡『薬剤耐性化のなぞにせまる ─多剤排出トランスポーターの薬剤認識・排出機構』で紹介されているAcrBの例2drd（ミノサイクリン結合型）
※他にドキソルビシン結合型の2dr6，薬剤非結合の2dhh
参考：山下敦子『トランスポーターの立体構造と機能』p.2579図2で紹介されているラクトーストランスポーターLacYの例1pv7のChain A
PDF資料図2
Capping Proteinの構造例1iznのChain A・B
参考：特別講演『膜蛋白質結晶構造解析とその創薬への応用』（PDF版要旨）の演者・岩田 想教授によるPDFデータ例1nek
※他のデータ例はStructure Gallery（Imperial College London）に紹介；講演中で紹介された岩田ヒト膜受容体構造プロジェクトも参照
参考：酵母プリオン[PSI +]の原因Sup35タンパク質例1yjp
[PSI +]に関する解説：倉橋洋史・中村義一『酵母においてはプリオン説は証明された』
フィブリンの例1fzcのChain A・B・C・G・I
フェリニン（felinine，悪臭の正体参照）〔左〕
※参考：アリイン〔中，ニンニクのにおい物質前駆体〕とアリシン〔右，ニンニクのにおい物質〕
臭化イプラトロピウム（ipratropium bromide，Chime分子）
フィセチン（fisetin，Chime分子）
CCA付加酵素例の2dr5（他に2dr7，2dr8，2dr9，2dra，2drbが公開）
〔左〕1章7節『水チャネルの構造と機能』p.77図1のAQP1データ例1fqy4のPQSによる四量体（PQSによるタンパク質複合体構造で参照可）
〔右〕2章9節『薬物異物受容システム』p.139図2のPYPのPDBデータ例1odvのChain A ※参考：環境ホルモンと疑われている化合物リストの例，P450データ集※1章6節『ニコチン性アセチルコリン受容体の構造と機能』についてはニコチンが結合したアセチルコリン結合性タンパク質（Chime版）参照
※2章1節『エイコサノイド受容体の生理機能 ─エイコサノイド受容体システムによる病態制御』についてはプロスタグランジン分子データ集参照
※2章4節『カルシウムチャネルとしてのIP3受容体の生理機能』についてはセカンドメッセンジャー（Chime版）参照
※2章6節『嗅覚受容システム ─匂いとフェロモン』については香りの分子事典・解説編参照
※3章1節『創薬ターゲットとしてのオーファンGタンパク質共役型受容体』については，例えばPDBとSOSUI・TMHMMを利用した演習（Chime版）参照
※3章2節『核内受容体と創薬』のER（エストロゲン受容体）については，例えば3次元構造活性相関手法（3D-QSAR）の紹介（Chime版）参照
※3章4節『創薬とタンパク質モデリング』については，例えば抗がん剤開発と標的タンパク質，HIVとエイズ参照
※その他複数のテーマにわたって，膜貫通タンパク質データ集，βバレル型膜タンパク質データ集参照
参考：FKBP8関連PDBデータ例2f2dのModel 1
参考：Kornberg教授によるPDBデータ例1r9t（他に1i6h，1sfoなど）
エリスロマイシンを含むCYP3A4の例2j0dのChain A
参考：RNAi関連PDBデータ例2b9zのModel 1
FAMSBASE試用例
〔左〕1qlx（HUMAN PRION PROTEIN）のアミノ酸配列で検索し，Homologyが91.40％（RPS Result）が最大だった2OCC_Nの重ね合わせモデル（緑の方がreferenceの2occ）
〔右〕PDBコード1VQU_Aを入れて求められた結果（FAS Result）中のgene ENSP00000232508（Homology=28.125％）との重ね合わせ（二次構造の色がreferenceの1vqu）
〔左〕2hhh（空間充填表示2分子がカスガマイシン；拡大アニメgif），〔右〕カスガマイシン（kasugamycin；抗生物質分子データ集）
※参考（従来考えられていた作用の解説例）：タンパク質の生合成（福岡大学大学院理学研究科化学専攻機能生物化学研究室）
参考：長田裕之『ケミカルバイオロジーの潮流』図3に出てくる抗腫瘍性抗生物質フォストリエシン（fostriecin，Chime分子）
※p.26のRIKEN NPEdiaについて，上掲第29回情報化学討論会（2006/11/14-15，新潟市・朱鷺メッセ）で長田氏の講演（JL6 [PDF]）があります。
エダラボン（edaravone；Chime分子）
▼XDR-TB関連情報
Protein Fibrilの例2begのModel 1
参考：HIV-2関連PDBデータ例1idb（プロテアーゼ）
※Human immunodeficiency virus type 2由来PDBデータ一覧
伸長因子EF-Tu／GTP／フェニルアラニンtRNA複合体の例1tttのChain A・D
※参考：中村義一 編，「RNAがわかる」，p.21，羊土社(2003)
参考：カルポニン（calponin）関連PDBデータ例1h67のModel 1
参考：同書口絵およびp.85図2.3.4に掲載のMazEFタンパク質複合体
※三量体のPDBデータ1ub4をPQSにより六量体にしたもの → PQSによるタンパク質複合体構造
〔左〕β-シクロデキストリン（空間充填）＋プロスタグランジンE2（球棒＋ドット），〔右〕γ-シクロデキストリンを含むPDBデータ例1d3c
バソプレシン（Chime分子）
参考：村上らによる多剤排出タンパクAcrB構造例（1iwgのPQSによる3量体モデル → Jmol分子）
※多剤排出タンパク分子の立体構造ついに決定（JST，2002/10/08）
TMC114（左）とTMC114を含むPDBデータ例2f8g（右）
※HIVとエイズ，エイズ薬の例参照
参考：1yyfからPQSにより得られるデータ中の六量体構造（Jmol版で参照可）
※プロテアソームの例，ユビキチンも参照（何れもChime版）
参考（分子名クリックでChime分子表示）：同研究グループによるフェニラヒスチン改変化合物例のKPU-2（NPI-2358；今回の記事のものかどうかは未確認）
プロスタグランジンE2（プロスタグランジン分子データ集参照）
参考：SasAのPDBデータ例1t4y
テラバンシン（telavancin；Chime分子，Jmol版）
参考：研究グループの一員によるCutA1タンパク質構造例1v9bのChain A-C
〔左〕酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別（水素結合付記）表示では，酸性・塩基性アミノ酸が多いことがわかる
〔右〕理研資料 図3のイオン対から15Glu-36Arg・24Glu-68Argを球棒表示（画像クリックで拡大；こちらで3D分子モデル参照可）
※理研資料 図1のDSC曲線については酸性染料Orange IIのDSC測定参照
PQSによるタンパク質複合体構造に掲載の2dhqの十二量体
※西 羽美『タンパク質複合体構造の判定 〜PQSを例に』で詳述されているPQSを利用して作成
2-(2H -1,2,3-ベンゾトリアゾール-2-イル)-4,6-ジ-tert -ブチルフェノール（情報例，Chime分子）
※参考：同誌p.66 Topics/Review『破骨細胞をねらい撃ち』のリベロマイシンA（reveromycin A；Chime分子）
→ 骨粗鬆症の骨の破壊をとめる新たな治療法を確立 - 破骨細胞を狙い討つ“魔法の弾丸”リベロマイシンA -（理研，2006/03/07）
▼関連情報
アリピプラゾール（aripiprazole，商品名エビリファイ）
Exploring the Structureの図に相当する理研資料図5を参考に作成した発光体オキシルシフェリン周囲の立体構造比較
（2d1sと2d1tより；他に2d1q，2d1r参照）
用いた化合物の骨格の鉄フタロシアニン（これに4つのカルボキシ基が結合）
※中央がFeでなくCuの銅フタロシアニンは顔料の C.I. Pigment Blue 15；フタロシアニンブルー；GINC情報
〔上〕プラテンシマイシン（platensimycin；Chime分子），〔下〕同分子を含むPDBデータ2gfx
朝日“ひと”欄で遠藤氏が持っているHGS分子模型は上のメバスタチンと思われる（Chime分子；よく使われている医薬品参照）
資料図1を参考に作成したスフィンゴミエリナーゼ（sphingomyelinase）の金属イオン周辺部の構造例
（Coイオンを含むPDBデータ2ddsのA鎖；他にMgイオン含む2ddtとCaイオンむ2ddr）
参考：p.62図2.12のカルシニューリン-FK506-FKBP複合体例（1tcoより作成）
▼以下関連情報
ZSTK474（Chime分子）
※参考：他のPI3キナーゼ阻害剤を含むPDBデータ例 1e7u（wortmannin；別資料），1e7v（LY294002）
Keimaなどによる6色カラーイメージング（理研）
グルコースオキシダーゼの例（1gpe）
galectin-1の例（1gzw）
p.80記載の，O2の両O原子がFeにside-onで配位する構造を有する1o7m（ヘモグロビンの部分構造例参照）
※その他，p.212にフェリチン（例 1mfr；Molecule of the Month参照）など，PDBに関連する情報も多数記載
アブシジン酸
志賀毒素例の1cqf
リバスチグミン（左，Chime分子）とガランタミン（右，Chime分子）
※掲載記事・論文例：数物学会誌と湯川秀樹，「保井コノ」 -日本初の女性理学博士-， 副腎の主成分アドレナリンに就て（高峰譲吉）
テリスロマイシン → 抗生物質・抗菌剤／耐性菌／院内感染
理研資料図5を参考に作成した発光体オキシルシフェリンの周囲の立体構造比較：2d1sと2d1tより（他に2d1q，2d1r参照）
※画像クリックで拡大（PDB部分データリストで作成） → ホタルの光の秘密
リベロマイシンA（reveromycin A；Chime分子）
マラリア治療薬の例 アルテミシニン（artemisinin；Chime分子）
※参考：ワインに含まれるチオール系香り分子例のチオフェンチオール（チオフェン-2-チオール；Chime分子）
アメフラシ由来アプリロニンAとアクチンとの複合体構造1wua〔左〕とアプリロニンA〔右；C59H101N3O14，Chime分子例（異性体あり）〕
同じ研究グループによるジオキシゲナーゼ構造データ例2d0uのChain A（他に2d0t）
SSRIの例パロキセチン（抗うつ剤の分類参照）
解明された結晶構造2d2n（他に2d2m）
イソフラボン類の一種ゲニステイン（ゲニスタイン，Chime分子）；球棒表示部分がイソフラボン（Chime分子）骨格
※参考：「健康食品」の安全性・有効性情報のダイズ情報
※参考：p.33図2.10掲載のRNAアプタマーの例1koc → アプタマー
※参考：ノイラミニダーゼ立体構造予測データベース（理研）のデータより／Chime版，鳥インフルエンザ＆新型インフルエンザ情報 
参考：NEPP11が結合することが見出されたKeap1タンパク質のKelchドメインの構造例1zgk
2-(2H-1,2,3-ベンゾトリアゾール-2-イル)-4,6-ジ-tert-ブチルフェノール（Chime分子）
メバロチン（Mevalotin；プラバスタチンナトリウム，pravastatin sodium） → よく使われている医薬品
胆汁酸（bile acid）の例のコール酸（cholic acid，Chime分子）
用いられた色素のタラポルフィンナトリウム（talaporfin sodium；商品名 レザフィリン，Laserphyrin）C38H37N5O9・4Na（Chime分子）
※参考資料例：DRUG: D01985（KEGG），MLリソース：肺癌，明治製菓：プレスリリース
トポイソメラーゼ I の例（DNAとのcomplex）1a36
※参考：DNA複製（福岡大学大学院理学研究科化学専攻機能生物化学研究室）
〔左〕ラメラリンα20-サルフェート（lamellarin α20-sulfate，Web資料[PDF]を参考に作成）
〔右〕参考：従来の阻害剤を含むHIVインテグラーゼのPDBデータ例1qs4のA鎖（阻害剤は5CITEP；Web資料[PDF]参照）
→ ラメラリン α20-サルフェート（HIVインテグラーゼ阻害剤）
