◆ コドンと遺伝暗号表(旧版) ◆
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2006年のノーベル生理学医学賞はRNA干渉の研究に!!
The Nobel Prize in Physiology or Medicine 2006 (Nobel Foundation)Press Release
※今後の情報追加は2006年ノーベル生理学医学賞:RNA干渉で行います!! [NEW!]


コドン解明のきっかけとなった実験に関連して
※初期表示はmRNA(UUUUUUUUUUUU),ポリペプチドはα-helix構造で組み立て

実験者名mRNA(部分)ポリペプチド(部分)
ニーレンバーグUUUUUUUUUUUU  FFFF (PDB形式)| (mol形式)
コラーナCACACACACACA  HTHT (PDB形式)| (mol形式)
その他の参考データChime版PDB部分データリスト等より)
PDB_1g59のChain A・B(tRNAGluとGluRSの複合体)
PDB_1asyのChain A・R(tRNAAspとAspRSの複合体)
PDB_1ml5のChain B・C(P-site tRNAPheとA- and P-site mRNA codons)
PDB_1gixのChain B・C・1(A-siteおよびP-site tRNAPheとA- and P-site mRNA codons)
PDB_1wz2のChain A・C | PDB_2bytのChain A・B ※理研資料参照
◆tRNA擬態タンパク質(図3参照)
PDB_1eh1のChain A(図2のRRF)
PDB_1dt9のChain A(図2のeRF1)
PDB_1darのChain A(図2のEF-G)
PDB_1tttのChain A・D(図2のEF-Tu tRNA 複合体)
PDB_1gqeのChain A(図2のRF2)

◆カスガマイシンのタンパク質合成阻害機構(理研) PDB_2hhhのChain A・G
◆2006年ノーベル生理学医学賞(RNA干渉)関連 PDB_2az0 PDB_2b9zのModel 1
◆2006年ノーベル化学賞(真核生物の遺伝情報転写)関連 PDB_1i6h PDB_1r9t
バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択
DNA/RNA選択 同バックボーン選択
リガンド選択 (*印のみ)
空間充填 球棒 同(球大き目) スティック 針金
DNA/RNA(ATGCUbackbone
アミノ色 CPK色 | 濃赤 濃青
Jmol色 Rasmol色
酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド#
水素結合(太) OFF
 
 
背景・黒 背景・灰 背景・白


※amino表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR
ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO

= 以下の表示はアミノ酸の親水性・疎水性参照 =
酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR
ASN GLN PRO MET
 PHE TYR TRP LYS ARG HIS

極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG
HIS
 GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP

※疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP
SER THR GLY
 ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE

※等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP
VAL GLY LEU
 ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG

# アミノ酸のコンホメーション選択性参照。



図1 セントラルドグマとRNAワールド
※以下に掲載の図を改変;柳川弘志,「生命はいかに創られたか」,TBSブリタニカ(1991)



図2 tRNAを含むPDBデータ例(1g59より,PDB部分データリストにも収録);拡大
Glutamyl-tRNA Synthetase Complexed With tRNA(Glu).
[左]tRNAのL字型三次構造の骨格,[中]1g59のChain B(tRNAGlu),[右]1g59のChain A・B(tRNAGluとGluRSの複合体)
※中・右の図では,RNAは球棒(塩基の色は下表と同じ),タンパク質はスティック(色は下表amino形式)表示
◎中村義一 編,「RNAがわかる」,p.90,羊土社(2003)


mRNAの遺伝暗号表
※生物種によっては,以下の普遍暗号に従わないコドンを持つ場合もある。
  第2文字  
U C A G



U UUU Phe/F UCU Ser/S UAU Tyr/Y UGU Cys/C U


UUC Phe/F UCC Ser/S UAC Tyr/Y UGC Cys/C C
UUA Leu/L UCA Ser/S UAA 終了 UGA 終了 A
UUG Leu/L UCG Ser/S UAG 終了 UGG Trp/W G
C CUU Leu/L CCU Pro/P CAU His/H CGU Arg/R U
CUC Leu/L CCC Pro/P CAC His/H CGC Arg/R C
CUA Leu/L CCA Pro/P CAA Gln/Q CGA Arg/R A
CUG Leu/L CCG Pro/P CAG Gln/Q CGG Arg/R G
A AUU Ile/I ACU Thr/T AAU Asn/N AGU Ser/S U
AUC Ile/I ACC Thr/T AAC Asn/N AGC Ser/S C
AUA Ile/I ACA Thr/T AAA Lys/K AGA Arg/R A
AUG Met/M(開始) ACG Thr/T AAG Lys/K AGG Arg/R G
G GUU Val/V GCU Ala/A GAU Asp/D GGU Gly/G U
GUC Val/V GCC Ala/A GAC Asp/D GGC Gly/G C
GUA Val/V GCA Ala/A GAA Glu/E GGA Gly/G A
GUG Val/V GCG Ala/A GAG Glu/E GGG Gly/G G


DNAの遺伝暗号表(1)
※文字色はJmolのamino色(上表と同じ)。
  第2文字  
T C A G



T TTT Phe/F TCT Ser/S TAT Tyr/Y TGT Cys/C T


TTC Phe/F TCC Ser/S TAC Tyr/Y TGC Cys/C C
TTA Leu/L TCA Ser/S TAA 終了 TGA 終了 A
TTG Leu/L TCG Ser/S TAG 終了 TGG Trp/W G
C CTT Leu/L CCT Pro/P CAT His/H CGT Arg/R T
CTC Leu/L CCC Pro/P CAC His/H CGC Arg/R C
CTA Leu/L CCA Pro/P CAA Gln/Q CGA Arg/R A
CTG Leu/L CCG Pro/P CAG Gln/Q CGG Arg/R G
A ATT Ile/I ACT Thr/T AAT Asn/N AGT Ser/S T
ATC Ile/I ACC Thr/T AAC Asn/N AGC Ser/S C
ATA Ile/I ACA Thr/T AAA Lys/K AGA Arg/R A
ATG Met/M(開始) ACG Thr/T AAG Lys/K AGG Arg/R G
G GTT Val/V GCT Ala/A GAT Asp/D GGT Gly/G T
GTC Val/V GCC Ala/A GAC Asp/D GGC Gly/G C
GTA Val/V GCA Ala/A GAA Glu/E GGA Gly/G A
GTG Val/V GCG Ala/A GAG Glu/E GGG Gly/G G
●アミノ色表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO


DNAの遺伝暗号表(2)
※セルの色は有機概念図I/O値順(特性基 R),文字色は疎水性インデックス順。
別ページ一覧表参照。
  第2文字  
T C A G



T TTT Phe/F TCT Ser/S TAT Tyr/Y TGT Cys/C T


TTC Phe/F TCC Ser/S TAC Tyr/Y TGC Cys/C C
TTA Leu/L TCA Ser/S TAA 終了 TGA 終了 A
TTG Leu/L TCG Ser/S TAG 終了 TGG Trp/W G
C CTT Leu/L CCT Pro/P CAT His/H CGT Arg/R T
CTC Leu/L CCC Pro/P CAC His/H CGC Arg/R C
CTA Leu/L CCA Pro/P CAA Gln/Q CGA Arg/R A
CTG Leu/L CCG Pro/P CAG Gln/Q CGG Arg/R G
A ATT Ile/I ACT Thr/T AAT Asn/N AGT Ser/S T
ATC Ile/I ACC Thr/T AAC Asn/N AGC Ser/S C
ATA Ile/I ACA Thr/T AAA Lys/K AGA Arg/R A
ATG Met/M(開始) ACG Thr/T AAG Lys/K AGG Arg/R G
G GTT Val/V GCT Ala/A GAT Asp/D GGT Gly/G T
GTC Val/V GCC Ala/A GAC Asp/D GGC Gly/G C
GTA Val/V GCA Ala/A GAA Glu/E GGA Gly/G A
GTG Val/V GCG Ala/A GAG Glu/E GGG Gly/G G
●疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
●有機概念図I/O値順(特性基 R)
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE


アミノ酸残基の疎水性インデックスとI'/O'値の比較(Glyを除く)


※参考(携帯版コドン表) → mRNADNA


●話題1:tRNA擬態タンパク質


図3 tRNA擬態タンパク質の例(下記文献p.21図2を参考に作成;PDB部分データリストにもデータ収録)
[上]左から,RRF;(1eh1_A),eRF1(1dt9_A)
[中]左から,EF-G(1dar_A),tRNA(ここでは1ml5_BC),EF-Tu tRNA 複合体(1ttt_AD)
[下]RF2(1gqe_A;原報と分子の向きが異なる)


●話題2:[GADV]-タンパク質ワールド仮説


図4 [GADV]-タンパク質ワールド仮説


GNC原初遺伝暗号
  第2文字  
U C A G



G GUC Val/V GCC Ala/A GAC Asp/D GGC Gly/G C


アミノ酸のコンホメーション選択性(p.41図9関連)
「タンパク質の構造と機能 」,メディカル・サイエンス・インターナショナル(2005) …図1-20の表から逆パターンの数値を除いたもの
※第1章『配列から構造へ』:原文(From Sequence to Structure)[PDF]
※元データ: Williams, R.W. et al. : Biochim. Biophys. Acta , 916, 200-204 (1987).
※参考:1文字アミノ酸配列から各種HTMLデータを作成する秀丸マクロ
  α-ヘリックス β-ストランド
Glu 1.59 0.52
Ala 1.41 0.72
Leu 1.34 1.22
Met 1.30 1.14
Gln 1.27 0.98
Lys 1.23 0.69
Arg 1.21 0.84
His 1.05 0.80
Val 0.90 1.87
Ile 1.09 1.67
Tyr 0.74 1.45
Cys 0.66 1.40
Trp 1.02 1.35
Phe 1.16 1.33
Thr 0.76 1.17
Gly 0.43 0.58
Asn 0.76 0.48
Pro 0.34 0.31
Ser 0.57 0.96
Asp 0.99 0.39


PDBデータ1c9eの二次構造とコンホメーション選択性表示のアニメーション(生体分子の構成元素で作成)