◆ Jmolで見るトピックス分子（15-4） ◆

→ No.401-410 ｜ 411-420（作成中） ｜ 421-430 ｜ 431-440 ｜ 441-450 ｜ 451-460 ｜ 461-470 ｜ 471-480 ｜ 481-490 ｜ 491-500 ←
→ No.501-510 ｜ 511-520 ｜ 521-530 ｜ 531-540 ｜ 541-550 ｜ 551-560 ｜ 561-570 ｜ 571-580 ｜ 581-590 ｜ 591-600 ←
→ 601-610 ｜ 611-620 ｜ 621-630 ｜ 631-640 ｜ 641-650 ｜ 651-660 ｜ 661-670 ｜ 671-680 ｜ 681-690 ｜ 691-700 ←
→ 701-710 ｜ 711-720 ｜ 721-730 ←
→ 以下は今後改変： Vol.1 ｜ 2 ｜ 3 ｜ 4 ｜ 5 ｜ 6 ｜ 7 ｜ 8 ‖ データ名一覧 ←
→ 最近の本サイトコンテンツから： ネオニコチノイド系農薬問題 ｜ 2014年にエボラ出血熱感染拡大 ｜ 危険ドラッグ ←

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11およびFirefox（バージョン51以前）で閲覧できます。

  1. RCSB PDB 2017/03/22 新規公開データより：5tdu Toluene 4-monooxygenase (T4moHD) bound to product after turnover in crystal [NEW!]　※他に5tdt（こちらも以下に）・5tdv・5tdw


    『一家に1枚 生きものすべては細胞から』    から

    PDBデータ 5tdu（p-クレゾールが結合したトルエン-4-モノオキシゲナーゼ）

    		5tdu（p-クレゾールが結合したトルエン-4-モノオキシゲナーゼ）　同PDBsumデータ 5tdu_PCR$
    5tdtのChain A・B・C・E（トルエンが結合したトルエン-4-モノオキシゲナーゼ）　同PDBsumデータ 5tdt_MBN$
    ※その他のバイオレメディエーション関連PDBデータ例
    1t0s（4-ブロモフェノールが結合したトルエン/o-キシレン モノオキシゲナーゼ）　BML（4-ブロモフェノール）選択　同PDBsumデータ 1t0s_BML[503(A)]$
    1g5f（1,2-ジクロロエタンが結合した1,3,4,6-テトラクロロ-1,4-シクロヘキサジエン ヒドロラーゼ）　DCE（1,2-ジクロロエタン）選択　同PDBsumデータ 1g5f_DCE$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    p-クレゾールが結合したトルエン-4-モノオキシゲナーゼ5tdu

      
    ［左］トルエン結合5tdtとp-クレゾール結合5tduのPDBsumデータ　［右］4-ブロモフェノールが結合した1t0sと1,2-ジクロロエタンが結合した1g5f

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  2. RCSB PDB 2017/03/29 新規公開データより：5gu2 Crystal structure of Au(M).CL-apo-E45C/R52C-rHLFr [NEW!]　※他に5gu0・5gu1・5gu3

    PDBデータ 5gu2の24量体（Chain X×24；金イオンを内包したフェリチン）
    ［Ferritin - Wikipedia］

    		5gu2の24量体（Chain X×24；金イオンを内包したフェリチン）　同PDBsumデータ 5gu2_AU [AU 206(X)]$
    ※参考： 金（Au）の結晶構造　→ 2014年は世界結晶年！
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］金イオンを内包したフェリチン5gu2の24量体（Chain X×24）　［右］金の結晶構造 → 2014年は世界結晶年！

  3. 今月の分子 208: グルコース輸送体（Glucose Transporters）（PDBj，2017/04） [NEW!] ｜ Molecule of the Month（PDB）　※4pypを以下に

    PDBデータ 4pyp（グルコース輸送体GLUT1；β-ノニルグルコシドが結合）
    ［Glucose transporter - Wikipedia］
    		4pyp（β-ノニルグルコシドが結合したグルコース輸送体GLUT1）　同PDBsumデータ4pyp_BNG$
    ※参考（糖共輸送体の例）： 3dh4のChain A（ガラクトースが結合したNa+/糖共輸送体）　　同PDBsumデータ3dh4_GAL$　同PDBsumデータ3dh4_NA$　→ 別トピック
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    β-ノニルグルコシドが結合したグルコース輸送体GLUT1 4pypとそのPDBsumデータ

  4. RCSB PDB 2017/04/05 新規公開データより：5mt9 Human insulin in complex with serotonin and arginine [NEW!]　※他に5mam・5mt3

    PDBデータ 5mt9のChain F-P（セロトニンとアルギニンが結合したインスリン）
    ［Insulin - Wikipedia］
    		5mt9Chain F-P（セロトニンとアルギニンが結合したインスリン）　SRO（セロトニン）選択　リガンドのARG（アルギニン）選択
    ※他のインスリン構造例： 1trz*（インスリン）　同Chain A・B
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    セロトニン（大きい球表示）とアルギニン（小さい球表示）が結合したインスリン5mt9のChain F-P

「生活環境化学の部屋」ホームページ ｜ Jmol版「分子の学習帳」