◆ 今週の分子 ◆
連載98（2005/09/22〜）：コラーゲンの例（PDBデータ1BKVほか）
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●：Gly　●：Pro　●：ヒドロキシPro

　前回に続いてProtein Data Bankで連載のMolecule of the Monthから，今話題の商品でもあるコラーゲン。骨，腱，皮膚などを形成している硬タンパク質の一種で，3本のタンパク質が三つ編みのようになっている三重ヘリックスでできているのが強さの秘密です。種類によってアミノ酸組成などが異なりますが，グリシン（Gly）を周期的に含み，プロリン（Pro）やヒドロキシプロリン（Hyp）も特徴的に含まれます。


コラーゲン，コラーゲン様ペプチドの例
※初期表示は1BKV；●はグリシン
1BKV（PDBデータ） ｜　 1CAG（PDBデータ）
バックボーン 二次構造
リガンド表示 OFF
水分子表示　 OFF

全選択 リガンド選択
タンパク選択 Gly選択 Pro選択 ヒドロキシPro選択
空間充填 球棒 スティック OFF
CPK アミノ色 ｜ ラベル表示 OFF
濃赤 濃青 緑 濃ピンク 水色 橙 紫

※以下ではヒドロキシプロリンは着色されない
酸性・中性・塩基性アミノ酸区別
極性・非極性区別
疎水性インデックス順
log P値順

水素結合（細） 同（太） OFF
ドット表面表示 OFF
光沢表示 OFF ｜ 光量30% OFF
背景・黒 背景・灰 背景・白
回転 OFF
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※amino表示の凡例
ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR
ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
＝ 以下の表示はアミノ酸の親水性・疎水性参照 ＝
※酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR
ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
※極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG
HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
※hydropathy index順
ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP
SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
※log P値順
ARG　ASP　ASN　GLU　GLN　HIS　GLY　SER　LYS　THR
ALA　PRO　CYS　VAL　TYR　MET　ILE　LEU　PHE　TRP

参考：1BKVのアミノ酸配列；3残基ごとに改行
※Sequence：PXGPXGPXGITGARGLAGPXGPXGPXGPXG（A・B・C鎖共通）
Pro Hyp Gly
Pro Hyp Gly
Pro Hyp Gly
Ile Thr Gly
Ala Arg Gly
Leu Ala Gly
Pro Hyp Gly
Pro Hyp Gly
Pro Hyp Gly
Pro Hyp Gly

※次回更新は2005/10/06頃の予定

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