◆ 今週の分子 ◆
連載86(2005/05/12〜):
キネシンの例(PDBデータ3KINより)

 人間は左右対称に見えますが,心臓は左(右にある人もいます)など,非対称の部分も少なくありません。多くの生物も同様で,発生の過程でどうして非対称性が生じるかは大きな謎でした。その初期段階の仕組みがほぼ解明されたことが今朝の新聞各紙に載っています。

 そこで今回はキネシンを取り上げましたが,キネシンおよびその関連タンパク質は多数あり,以下の3KINは記事の研究とは直接関係ありません。
 なお,先日開催されたナノ学会第3回大会(2005/05/08-10,仙台市民会館;筆者の参加報告)の特別講演1p-1の中で,近々この研究成果の発表があることに触れられ,上記記事にある“繊毛が体液に一定方向の流れ”を作る様子も動画で見ることができたのは幸運でした。

左から,キネシンの例(3KIN),レチノイン酸(Chime分子),ソニック・ヘッジホッグ関連データ例(1VHH


キネシンのモーター部分の例(3KIN
バックボーン 二次構造
リガンド表示 OFF

タンパク質選択
リガンド選択 全選択
空間充填 球棒 スティック OFF
CPK amino | ラベル表示 OFF
酸性・中性・塩基性アミノ酸区別
極性・非極性区別
疎水性インデックス順(タンパク質)
log P値順(タンパク質)
ドット表面表示 OFF
光沢表示 OFF 光量30% OFF
背景・黒 背景・灰 背景・白
回転 OFF
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※amino表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR
ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO

= 以下の表示はアミノ酸の親水性・疎水性参照 =
酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR
ASN GLN PRO MET
 PHE TYR TRP LYS ARG HIS

極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG
HIS
 GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP

※hydropathy index順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP
SER THR GLY
 ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE

※log P値順
ARG ASP ASN GLU GLN HIS GLY SER LYS THR
ALA PRO
 CYS VAL TYR MET ILE LEU PHE TRP

※有機概念図I/O値順(特性基 R
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS
TYR TRP
 CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE

※同上(アミノ酸)
GLY SER ASN ASP GLN THR GLU ALA ARG HIS
VAL LYS
 CYS PRO LEU TYR ILE MET TRP PHE


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