◆ 今週の分子 ◆
★連載57(2004/05/26〜):
PCBの代謝酵素例(PDBデータ1LKD)

 ダイオキシンなど有害な化学物質を微生物の力を借りて分解してしまおうというのがバイオレメディエーションです。今回はPCBを生分解してくれる酵素群の中の一例を取り上げました。

PCBの生分解反応(バイオレメディエーション)
◎千田俊哉・福田雅夫,『PCB分解酵素系の構造プロテオミクス』
…以下に収録:大島泰郎・西村善文・横山茂之・中村春木 編,「構造プロテオミクス −蛋白質ネットワークの構造生物学−」,共立出版(2003)
※参考:千田俊哉・N.Nandhagopal・杉本敬佑,『ビフェニル/PCB分解代謝系の酵素群に関する立体構造的研究』
※参考:バイオレメディエーション事例紹介B-1/PCB(環境バイオネット)


PCBの代謝酵素例1lkd
Backbone Termini 2nd Structure
Ligands表示 OFF
Water表示 OFF

Protein選択
Ligand選択 Water選択 全選択
空間充填 球棒 スティック OFF
CPK amino | ラベル表示 OFF
酸性・中性・塩基性アミノ酸区別
極性・非極性区別
hydropathy index順(Protein)
log P値順(Protein)
有機概念図I/O値順(Protein特性基 R)| 同(アミノ酸)
Dot Surface表示 OFF
Specular OFF 光量30% OFF
背景・黒 背景・灰 背景・白
回転 OFF
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※amino表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR
ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO

= 以下の表示はアミノ酸の親水性・疎水性参照 =
酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR
ASN GLN PRO MET
 PHE TYR TRP LYS ARG HIS

極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG
HIS
 GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP

※hydropathy index順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP
SER THR GLY
 ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE

※log P値順
ARG ASP ASN GLU GLN HIS GLY SER LYS THR
ALA PRO
 CYS VAL TYR MET ILE LEU PHE TRP

※有機概念図I/O値順(特性基 R
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS
TYR TRP
 CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE

※同上(アミノ酸)
GLY SER ASN ASP GLN THR GLU ALA ARG HIS
VAL LYS
 CYS PRO LEU TYR ILE MET TRP PHE


ビフェニルの代謝酵素BphCおよびPCBの代謝酵素の活性中心


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