
担当:本間善夫(県立新潟女子短期大学生活科学科生活科学専攻)

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※自宅などのコンピュータで本ページの分子モデルを参照するには,プラグインのChimeが必要です。参考書の「動く分子事典」第7版付録CDには Internet Explorer (IE) 6 または Netscape Communicator 4.7X(ダウンロードサイト)に対応したChime2.6SP4を収録しました。第6版以前のCDにはIE5.X 以前(と NC4.7X )にしか対応していない Chime2.6SP3 が入っていますので,IE6 以上を使っている場合は,Chimeサイト(MDL社)で最新版をダウンロードしてインストールしてください。 → Chimeマニュアル | Chime利用サイト(国内外) [教材情報] ※配布プリントのダウンロード用カラーPDFデータ(後期演習用に改変):NBI2003.pdf(約1.34MB) [NEW!;2003/11/27修正] ※「PDBデータを詳細に見るために」を作成しましたので,インターネットユーザーはご活用ください。
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| 時数 | 講義項目 | 講義内容 |
|---|---|---|
| 1 | 分子の構造と性質1 | 分子の形状と親水性・疎水性,極性分子と無極性分子 |
| 2 | 分子の構造と性質2 | 分子形状の対称性,コンホメーション,光学異性 |
| 3 | 分子と分子の相互作用 | 自然界の4つの力,分子間の結合の種類 |
| 4 | 計算化学と分子情報の視覚化 | 計算化学の基礎と計算結果の可視化 |
| 5 | 高分子の特性 | 低分子と高分子の違い,高分子の一次構造から高次構造まで |
| 6 | アミノ酸とタンパク質 | 5種類の元素(C・H・N・O・S)から成る20種類のアミノ酸 |
| 7 | タンパク質の構造と性質1 | タンパク質の一次構造から高次構造まで |
| 8 | タンパク質の構造と性質2 | タンパク質と低分子の相互作用,タンパク質の活性部位 |
| 9 | DNAの構造と役割 | 5種類の元素(C・H・N・O・P)から成るDNAの4種類の塩基(A・T・G・C),二重らせん構造 |
| 10 | DNAとタンパク質 | 遺伝情報,セントラルドグマとRNAワールド,コドン |
| 11 | 知の共有の場としてのインターネット | インターネットの歴史と仕組みの基礎およびその有用性 |
| 12 | Webデータベースの利用1 | 生命の情報とインターネットの情報,主要データベース |
| 13 | Webデータベースの利用2 | データベースの活用,Web情報検索の基礎 |
| 14 | 情報発信の場としてのインターネット | 情報発信の重要性と実践方法 |
| 講義で取り上げたトピックス例 ‖ 参考文献・Webページ | ||
| 演習 (後期) |
低分子・DNA・タンパク質関連データベースの活用1〜3 | 各種データベースの利用方法,データの視覚化利用 ・代表的な生命科学関連データベース例 ・PSBとSOSUIを利用した演習 |

2. 分子の構造と性質2
3. 分子と分子の相互作用
4. 計算化学と分子情報の視覚化
5. 高分子の特性
6. アミノ酸とタンパク質
7. タンパク質の構造と性質1
スーパーフォールドの例(水素結合表示,Ligandは球棒モデル)
8. タンパク質の構造と性質2
9. DNAの構造と役割
10. DNAとタンパク質
11. 知の共有の場としてのインターネット
12. Webデータベースの利用1
13. Webデータベースの利用2
14. 情報発信の場としてのインターネット
※講義で取り上げたトピックス例
※講義で紹介した分子(初期表示はメチルレッド)

グロビン(1thb_A),アップ-ダウン(256b_A),UBαβロール(1ubq),αβサンドイッチ(1aps_1),TIMバレル(7tim_A) doubly wound(2fox),免疫グロブリンフォールド(2rhe),Trefoil(1i1b),Jellyロール(2stv)
※美宅成樹・榊佳之 編,「バイオインフォマティクス」,p.175,東京化学同人(2003)

タンパク質中のLigand結合部位(活性部位)の例(1ea1;アミノ酸は酸性・中性・塩基性区別,Dot Surfaceはlog P値順表示)
※アミノ酸および特性基の親水性・疎水性参照

分子の塗り絵と水素結合部位書き込み問題(ワトソンとクリックの発見の疑似体験)
※塗り絵による分子クイズ参照(問13)
※同誌連載記事『あなたにも役立つバイオインフォマティクスII 』の掲載URL集