生命情報科学概論
※本教材は2003年度に新潟薬科大学応用生命科学部で講義を担当した際の資料です(随時更新)
生命情報科学演習(学内用)同(自宅用)
分子の教材データベース(学内用)同(自宅用)

担当:本間善夫(県立新潟女子短期大学生活科学科生活科学専攻)


分子の教材データベースPDB部分データによるコンテンツ集リンクの部屋
★携帯版(http://gigacode.net/から接続可): k生命情報科学[409533]専用掲示板)|携帯Protein[409588]iモード化学[413860]


★独自ドメイン取得(http://www.ecosci.jp/NBI/でもアクセス可能)★


[注意]
※本ページは2003年に担当した講義(1年生前期)のための自習用資料です。また後期の演習で利用したサイト集なども兼ねています。
※自宅などのコンピュータで本ページの分子モデルを参照するには,プラグインのChimeが必要です。参考書の「動く分子事典」第7版付録CDには Internet Explorer (IE) 6 または Netscape Communicator 4.7X(ダウンロードサイト)に対応したChime2.6SP4を収録しました。第6版以前のCDにはIE5.X 以前(と NC4.7X )にしか対応していない Chime2.6SP3 が入っていますので,IE6 以上を使っている場合は,Chimeサイト(MDL社)で最新版をダウンロードしてインストールしてください。
詳細(参考書「できるバイオインフォマティクス」p.180も参照)
ChimeマニュアルChime利用サイト(国内外)
[教材情報]
※後期演習用ページSOSUIを利用した演習を公開!
※配布プリントのダウンロード用カラーPDFデータ(後期演習用に改変):NBI2003.pdf(約1.34MB) [NEW!;2003/11/27修正]
「PDBデータを詳細に見るために」を作成しましたので,インターネットユーザーはご活用ください。

時数 講義項目 講義内容
1 分子の構造と性質1 分子の形状と親水性・疎水性,極性分子と無極性分子
2 分子の構造と性質2 分子形状の対称性,コンホメーション,光学異性
3 分子と分子の相互作用 自然界の4つの力,分子間の結合の種類
4 計算化学と分子情報の視覚化 計算化学の基礎と計算結果の可視化
5 高分子の特性 低分子と高分子の違い,高分子の一次構造から高次構造まで
6 アミノ酸とタンパク質 5種類の元素(C・H・N・O・S)から成る20種類のアミノ酸
7 タンパク質の構造と性質1 タンパク質の一次構造から高次構造まで
8 タンパク質の構造と性質2 タンパク質と低分子の相互作用,タンパク質の活性部位
9 DNAの構造と役割 5種類の元素(C・H・N・O・P)から成るDNAの4種類の塩基(A・T・G・C),二重らせん構造
10 DNAとタンパク質 遺伝情報,セントラルドグマとRNAワールド,コドン
11 知の共有の場としてのインターネット インターネットの歴史と仕組みの基礎およびその有用性
12 Webデータベースの利用1 生命の情報とインターネットの情報,主要データベース
13 Webデータベースの利用2 データベースの活用,Web情報検索の基礎
14 情報発信の場としてのインターネット 情報発信の重要性と実践方法
講義で取り上げたトピックス例 ‖ 参考文献・Webページ
演習
(後期)
低分子・DNA・タンパク質関連データベースの活用1〜3 各種データベースの利用方法,データの視覚化利用
 ・代表的な生命科学関連データベース例
 ・PSBとSOSUIを利用した演習



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